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Enseignements
IMGT®, système d'information spécialisé en immunogénétique

Professeurs Marie-Paule LEFRANC et Gérard LEFRANC

Université de Montpellier et Laboratoire d'ImmunoGénétique Moléculaire, LIGM, UPR CNRS 1142, Institut de Génétique Humaine,
141 rue de la Cardonille, 34396 Montpellier Cedex 5 (France)
Tel. : +33 (0)4 34 35 99 65 - Fax : +33 (0)4 34 35 99 01 E-mail Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr, IMGT: http://www.imgt.org

IMGT en tant que système d'information

Un système d'information est un ensemble destiné à assurer le recueil, le stockage, le traitement, la transmission, l'archivage, la traçabilité des informations produites, utilisées ou transmises, pour répondre aux objectifs d'une unité d'activité donnée.
IMGT, en tant que système d'information, comprend des bases de données, des ressources Web et des outils dans le domaine de l'immunogénétique et de l'immunoinformatique.

Relations entre les bases de données d'IMGT et les bases de données généralistes

Bases de donnée IMGT Bases de données généralistes
Séquences nucléotidiques IMGT/LIGM-DB
IMGT/MHC-DB
EMBL
GenBank
DDBJ
Traduction des séquences IMGT/LIGM-DB
Séquences protéiques IMGT/PROTEIN-DB
(en developpement)
uniProt
PIR
Gènes IMGT/GENE-DB Entrez Gene
Genew (HGNC)
NCBI genome
GeneCards (moteur de recherche)
Structures tri-dimensionnelles (3D) IMGT/3Dstructure-DB PDB

IMGT Bloc-notes fournit des liens sur les principaux systèmes d'information en biologie moléculaire : Molecular Biology Servers (EBI, NCBI, ExPaSy, IMGT, etc.) et directement aux bases de données, aux ressources web, aux outils qu'ils contiennent.

Avantages de IMGT/LIGM-DB en tant que base de données spécialisée

  1. Expertise des données dans un domaine scientifique défini (élimination des redondances et des séquences non pertinentes, détection des erreurs, etc.).
  2. Annotations avec des labels (possibilité d'interroger sur ces "labels").
  3. Numérotation standardisée (IMGT Colliers de Perles): possibilité de comparer des séquences de différentes chaînes, de différents récepteurs, de différentes espèces.
  4. Définition de séquences de références, ce qui permet la description d'allèles.

Critères de sélection d'une séquence de référence

  1. Les critères de sélection d'une séquence de référence sont considérés au niveau d'un gène (et non de la séquence en tant que telle, en effet une séquence peut contenir un cluster de gènes). Les critères sont les suivants:
    • Séquence la plus longue (pour le gène étudié).
    • Séquence la plus "ancienne" (pour le gène étudié), ce qui permet de rendre crédit au(x) premier(s) auteur(s) qui a (ont) séquencé le gène.
    • Séquence génomique, "cartographiée" c'est-à-dire obtenue à partir d'un fragment d'ADN cloné (phage, cosmide, BAC, YAC, etc.), et non par PCR à partir de PBL "peripheral blood lymphocytes".
    • La séquence qui répond le mieux à ces trois critères pour un gène donné est sélectionnée par IMGT comme séquence de référence IMGT/LIGM-DB.
      Exemple: Pour le gène humain IGHA1 (Gene and allele table: Human IGHC), la séquence de référence IMGT/LIGM-DB est J00220.
  2. Si le gène contient plusieurs exons, plusieurs séquences de références peuvent être nécessaires.
    Exemple: M60193 est la séquence de référence IMGT/LIGM-DB pour l'exon membranaire du gène IGHA1.
  3. La première séquence de référence définie pour un gène donnée est désignée "allèle *01".
    Exemple: J00220 est la séquence de référence de l'allèle IGHA1*01.

Séquences de la littérature

QUESTION : Qu'en est-il des séquences IMGT/LIGM-DB qui contiennent des gènes dont la séquence est identique à l'allèle *01 de référence ?

Les séquences IMGT/LIGM-DB qui contiennent des gènes dont la séquence est identique à l'allèle *01 sont qualifiés de "Sequences from the literature" et sont répertoriées dans Gene tables (colonne de droite, sur la même ligne que la séquence de référence).
Les gènes correpondants sont aussi désignés allèles *01 et leurs séquences sont également alignées dans Alignments of alleles, mais leur numéro d'accès est en noir (pour les distinguer de la séquence de référence dont le numéro d'accès est en rouge).

IMGT/GENE-DB

QUESTION : Pourquoi IMGT/GENE-DB ?

IMGT/GENE-DB :
 - permet une interrogation par nom de gènes,
 - donne accès à toutes les séquences et à toutes les informations qui ont été nécessaires pour définir un gène et tous ses allèles.
Il s'agit donc de séquences génomiques (et de plus en configuration germline pour V, D et J). Ces séquences et ces informations sont celles de Gene tables. A l'heure actuelle, tous les gènes IG et TR humains sont entrés dans IMGT/GENE-DB.