Citing IMGT databases: Manso T. et al. IMGT® databases, related tools and web resources through three main axes of research and development. Nucleic Acids Res. 2022 Jan 7;50(D1):D1262-D1272. doi: 10.1093/nar/gkab1136 PMID: 34875068 Free PMC article.
Select a species and a locus:
Only IMGT available species/locus are shown in the drop-down list.

House mouse (Mus musculus) IGH locus (on chromosome 12 at 12F2 (58.0 cM)) gene repertoire per assembly:

House mouse (Mus musculus) IGHV gene numbers per subgroup in IMGT annotated assemblies:

For each available species and locus, the evaluation of a locus gene repertoire is displayed in tables per gene type: V, D, J or C.
The first column on the left lists either IMGT subgroups for V genes, or IMGT sets or subgroups for D and J genes, or IMGT gene names for constant genes. Clicking on the link provides the lists of corresponding IMGT alleles per IMGT functionality.
Columns in «IMGT annotated assemblies» display for each IMGT annotated assembly the number of IMGT genes per functionality.
The two columns in «Number of genes» are shown only if there is more than one IMGT annotated assembly. These columns display the numbers of genes which are either «common to all IMGT annotated assemblies» or «Not common to all IMGT annotated assemblies».
The numbers of IMGT genes in the tables are provided per functionality (F for functional, O for ORF, P for pseudogene). If IMGT alleles for a given IMGT gene have different functionalities, these are concatenated (for example: 1 FOP).

Subgroup IMGT annotated assembliesNumber of genes
GRCm38.p6GRCm39NOD_SCIDBALB_cJ_v3DBA_2J_v3DBA_2J_v2BALB_cJ_v2Common to all IMGT
annotated assemblies		Not common to all IMGT
annotated assemblies
IGHV148 F + 4 O + 40 P48 F + 4 O + 40 P48 F + 4 O + 40 P77 F + 6 O + 50 P63 F + 15 O + 64 P63 F + 15 O + 64 P77 F + 6 O + 50 P9 F + 1 FO + 4 FP + 1 OP + 10 P134 F + 3 FO + 17 O + 1 OP + 99 P
IGHV29 F + 2 P9 F + 2 P9 F + 2 P19 F + 4 P5 F + 2 P5 F + 2 P19 F + 4 P3 F + 1 FP + 2 P18 F + 1 P
IGHV36 F + 2 P6 F + 2 P6 F + 2 P6 F + 3 P7 F + 3 P7 F + 3 P6 F + 3 P5 F + 2 FP + 1 P1 F + 1 P
IGHV41 F + 1 P1 F + 1 P1 F + 1 P2 F3 F3 F2 F1 F + 1 FP1 F
IGHV510 F + 12 P10 F + 12 P10 F + 12 P19 F + 26 P6 F + 9 P6 F + 9 P19 F + 26 P4 F + 6 P19 F + 23 P
IGHV63 F + 2 O + 2 P3 F + 2 O + 2 P3 F + 2 O + 2 P6 F + 4 O + 3 P3 F + 1 O + 3 P3 F + 1 O + 3 P6 F + 4 O + 3 P3 F + 1 O + 2 P3 F + 3 O + 2 P
IGHV73 F + 1 O3 F + 1 O3 F + 1 O3 F + 1 P3 F + 1 P3 F + 1 P3 F + 1 P2 F + 1 FP1 F + 1 OP
IGHV85 F + 3 O + 11 P5 F + 3 O + 11 P5 F + 3 O + 11 P10 F + 7 O + 15 P10 F + 8 O + 4 P10 F + 8 O + 4 P10 F + 7 O + 15 P1 FO + 1 O + 2 P19 F + 1 FO + 12 O + 22 P
IGHV94 F4 F4 F6 F9 F + 1 P9 F + 1 P6 F2 F9 F + 1 P
IGHV102 F + 2 P2 F + 2 P2 F + 2 P3 F + 3 P4 F + 4 P4 F + 4 P3 F + 3 P1 F + 1 P5 F + 5 P
IGHV112 F2 F2 F2 F2 F + 1 P2 F + 1 P2 F2 F1 P
IGHV121 F + 2 P1 F + 2 P1 F + 2 P2 F + 1 O + 3 P4 F + 2 O + 5 P4 F + 2 O + 5 P2 F + 1 O + 3 P1 F3 F + 2 O + 7 P
IGHV131 F + 1 P1 F + 1 P1 F + 1 P1 F + 1 O1 F + 1 P1 F + 1 P1 F + 1 O1 F + 1 OP0
IGHV144 F4 F4 F3 F + 1 P4 F + 1 P4 F + 1 P3 F + 1 P3 F + 1 FP1 F
IGHV151 F + 1 P1 F + 1 P1 F + 1 P1 F + 1 O + 1 P1 F + 1 P1 F + 1 P1 F + 1 O + 1 P1 F1 O + 2 P
IGHV161 O1 O1 O01 P1 P001 O + 1 P
IGHV(I)2 P2 P3 P000003 P
IGHV(II)2 P2 P2 P7 P1 P1 P7 P08 P
IGHV(III)12 P12 P11 P12 P4 P4 P12 P1 P22 P
Total number of IMGT genes100 F + 11 O + 92 P100 F + 11 O + 92 P100 F + 11 O + 92 P160 F + 20 O + 129 P125 F + 26 O + 106 P125 F + 26 O + 106 P160 F + 20 O + 129 P38 F + 2 FO + 10 FP + 2 O + 2 OP + 25 P214 F + 4 FO + 36 O + 2 OP + 198 P
House mouse (Mus musculus) IGHD gene numbers per set or subgroup in IMGT annotated assemblies:
Set or subgroup IMGT annotated assembliesNumber of genes
GRCm38.p6GRCm39NOD_SCIDBALB_cJ_v3DBA_2J_v3DBA_2J_v2BALB_cJ_v2Common to all IMGT
annotated assemblies		Not common to all IMGT
annotated assemblies
IGHD12 F2 F2 F2 F2 F2 F2 F1 F2 F
IGHD26 F6 F6 F8 F7 F7 F8 F1 F13 F
IGHD32 F2 F2 F3 F3 F3 F3 F2 F1 F
IGHD41 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
IGHD54 F + 2 O + 1 P4 F + 2 O + 1 P4 F + 3 O + 1 P3 F + 7 O3 F + 6 O3 F + 6 O3 F + 7 O1 F4 F + 10 O + 1 P
IGHD65 F + 1 O5 F + 1 O5 F + 2 O8 F7 F7 F8 F2 F10 F + 2 O
Total number of IMGT genes20 F + 3 O + 1 P20 F + 3 O + 1 P20 F + 5 O + 1 P25 F + 7 O23 F + 6 O23 F + 6 O25 F + 7 O8 F30 F + 12 O + 1 P
House mouse (Mus musculus) IGHJ gene numbers per set or subgroup in IMGT annotated assemblies:
Set or subgroup IMGT annotated assembliesNumber of genes
GRCm38.p6GRCm39NOD_SCIDBALB_cJ_v3DBA_2J_v3DBA_2J_v2BALB_cJ_v2Common to all IMGT
annotated assemblies		Not common to all IMGT
annotated assemblies
IGHJ11 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
IGHJ21 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
IGHJ31 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
IGHJ41 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
Total number of IMGT genes4 F4 F4 F4 F4 F4 F4 F4 F0
House mouse (Mus musculus) IGHC gene numbers per gene name in IMGT annotated assemblies:
Gene name IMGT annotated assembliesNumber of genes
GRCm38.p6GRCm39NOD_SCIDBALB_cJ_v3DBA_2J_v3DBA_2J_v2BALB_cJ_v2Common to all IMGT
annotated assemblies		Not common to all IMGT
annotated assemblies
IGHA1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
IGHD1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
IGHE1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
IGHG11 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
IGHG2A0001 F1 F1 F1 F01 F
IGHG2B1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
IGHG2C1 F1 F1 F000001 F
IGHG31 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
IGHM1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F1 F0
Total number of IMGT genes8 F8 F8 F8 F8 F8 F8 F7 F2 F
House mouse (Mus musculus) IGH alleles per subgroup (set or gene name) and functionality in IMGT annotated assemblies:

The table displays IMGT alleles identified for House mouse (Mus musculus) IGH locus per subgroup and functionality (F, O, P) in IMGT annotated assemblies.
Sign # indicates IMGT genes which are not common to all IMGT annotated assemblies.

Subgroup (set or gene name) GRCm38.p6 GRCm39 NOD_SCID BALB_cJ_v3 DBA_2J_v3 DBA_2J_v2 BALB_cJ_v2
F O P F O P F O P F O P F O P F O P F O P
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