IMGT Education

Accès aux bases de données - Notion de gène - Gène et Polymorphisme par insertion/délétion

Citez 3 serveurs de biologie moléculaire.
Citez:
- 3 bases de données de séquences nucléotidiques généralistes
- 2 bases de données de séquences protéiques
- 1 base de donnée structure tridimensionnelle
- 2 bases de données de gènes
- 2 bases de données génétiques
Dans chaque cas, citez la base de données spécialisée d'IMGT (ou éventuellement la section)
Quelle est la structure traditionnelle d'un gène ?
- Quels sont les "labels" d'IMGT/LIGM-DB pour le codon d'initiation et le codon stop ?
- Quelle sont les séquences (triplets) du codon d'initiation et du codon stop ?
- Quelle différence faites-vous entre signal de polyadénylation et site de polyadénylation poly A ?
- Quels sont les "labels" utilisés dans IMGT/LIGM-DB ?
- Quelle est la séquence consences du signal de polyadénylation ?
Quelle est la séquence consensus d'un site d'épissage donneur ? Quelles est la séquence consensus d'un site d'épissage accepteur ? Quels sont les 3 types d'épissage possibles ? Que remarquez-vous pour 2 des types ?
Pourquoi peut-on qualifier des séquences V, D, J et C de "gènes" bien qu'ils ne respectent pas la structure classique ?
Quels sont les deux exemples de polymorphismes du nombre de gène C dans les locus d'IG humains ?

Localisation chromosomique	Gènes IGHC
Localisation chromosomique	Haplotype le plus courant	Haplotype avec nombre minimal de gènes	Haplotype avec nombre maximal de gènes
Distance sur le chromosome occupé par les gènes IGHC
Nombre total de gènes IGHC
Nombre de gènes IGHC fonctionnels

Localisation chromosomique	Gènes IGLC
Localisation chromosomique	Haplotype le plus courant	Haplotype avec nombre minimal de gènes	Haplotype avec nombre maximal de gènes
Distance sur le chromosome occupé par les gènes IGLC
Nombre total de gènes IGLC
Nombre de gènes IGLC fonctionnels

Quel est le mécanisme à l'origine de ces polymorphismes ?
Qu'appelle-t-on conversion génique ?
Quelle est la différence avec la recombinaison égale homologue ?

Fichier à plat - Numérotation unique et Notion de V-DOMAIN - Utilisation d'outils en ligne: IMGT/V-QUEST et IMGT/JunctionAnalysis
- Accès par "Gene tables" (IMGT Repertoire) et Fichiers à plat.
  - Pour IGHV, à partir de "Gene tables", obtenir directement un fichier à plat (flat file) en cliquant sur le numéro d'accès
  - Qu'est-ce qu'un fichier à plat (flat file) ?
  - Que signifient ID, DE, etc.... ?
  - Quelle est la structure d'un gène V (à déduire des "labels" et des limites de ces "labels" pour un gène IGHV du fichier à plat) ?
  - Quelles sont les limites de la V-REGION sur le schéma du gène V ?
  - Repérer la position 1 de la V-REGION.
  - Pourquoi la V-REGION est-elle plus courte à l'extrémité N- terminale que l'exon V ?
  - Analyser le prototype (IMGT Index > Labels).
- Accès par IMGT/LIGM-DB et Fichiers à plat.
  - Pour IGHJ, noter le numéro d'accès indiqué dans "Gene tables" et interroger IMGT/LIGM-DB pour obtenir les fichiers à plat. Quelle est la structure d'un gène J ? (à déduire des labels et de leurs limites dans le fichier à plat)
  - Pour IGHD, noter le numéro d'accès indiqué dans "Gene tables" et interroger IMGT/LIGM-DB pour obtenir les fichiers à plat. Quelle est la structure d'un gène D ? (à déduire des labels et de leurs limites dans le fichier à plat)
- Numérotation unique IMGT - Notion de numérotation et de Collier de Perles pour décrire la région codant d'un gène V (ou V-REGION). Accès à partir du choix 'IMGT/V-QUEST' du résultat de la requête IMGT/LIGM-DB.
  - Quelles sont les positions des deux cystéine conservées du pont disulpure et du tryptophane ?
  - Quelle est la nature de l'acide aminé en 89 ?
- Notion de V-DOMAIN et Collier de Perles de séquences réarrangées: V-DOMAIN (cliquer dans tableau sur les longueurs de CDR-IMGT).
- IMGT/V-QUEST et IMGT/JunctionAnalysis à partir d'une séquence:
  - Interroger IMGT/LIGM-DB: Human, Ig-Heavy, Productive, anti-thyrorid peroxidase (TPO),pour obtenir un choix de séquences.
  - Qu'appelle-t-on séquence au format FASTA ?
- IMGT/V-QUEST à partir d'une séquence de chaîne légère (récupérée au format FASTA).
- IMGT/JunctionAnalysis à partir de la jonction de la séquence précédente.
- IMGT/V-QUEST à partir d'une séquence de chaîne lourde (récupérée au format FASTA).
- IMGT/JunctionAnalysis à partir de la jonction de la séquence précédente.
Colliers de Perles en 2 dimension - Notion de C-DOMAIN - Structures tridimensionnelles (PDB), IMGT/3DStructure-DB.
- Collier de Perles en 2 dimensions d'une V-REGION (Accès par IMGT Repertoire).
  - Repérer le pont disulfure C23-C104.
  - Repérer les feuillets beta antiparallèles. Combien y en a-t-il ? Comment les désigne-t-on ?
  - Quels sont les acides aminés observés aux changements de direction (beta turns) ?
  - Qu'appelle-t-on "core hydrophobe" ?
  - Quelles sont les acides aminés du core hydrophobe ?
  - Indiquer les positions des acides aminés qui ont entre eux des liaisons hydrogènes (indiquer leur brin entre parenthèses).
  - Repérer les boucles CDR1-IMGT et CDR2-IMGT.
- Représentation schématique des 2 plans.
  - Indiquer les 4 lettres du plan arrière (A, ...) et celles du plan avant (F, ...).
  - Représenter par une courbe les boucles, et par un trait les beta turns (pour chaque beta turn, indiquer les positions des acides aminés).
  - Indiquer les CDR1-IMGT et CDR2-IMGT avec les couleurs IMGT et les positions 46 et 75.
  - Quels sont le plan en contact avec l'autre domaine et le plan extérieur ?
  - Analyser la représentation de 2 domaines associés (IMGT Education > Tutorials > 3Dstructure).
- Identifier les IgG humaines complètes dans IMGT/3DStructure-DB.
- PDB zoom et rotation view
  Localiser CDR1-IMGT, CDR2-IMGT et CDR3-IMGT sur PDBView.
- Repérer les acides aminés de la J-REGION dans IMGT/3Dstructure-DB et comparer avec la séquence J germline.
- Compléter la représentation schématique des 2 plans (voir Question 2). A quoi correspond la J-REGION ? Qu'avez-vous rajouté sur votre schéma ?
- Collier de Perles pour le C-DOMAIN.
  Quelles sont les principales différences entre un V-DOMAIN et un C-DOMAIN ?
- Compléter le tableau ci-dessous en précisant les chaînes d'IG et de TR dans lesquelles s'observent les différents domaines.
V-DOMAIN C-DOMAIN
V-LIKE-DOMAIN et C-LIKE-DOMAIN
- Collier de Perles pour le V-LIKE-DOMAIN:
  Qu'appelle-t-on V-LIKE-DOMAIN ?
  Citez trois exemples dont les Colliers de Perles se trouvent dans IMGT Repertoire.
  Repérer dans chacun des cas les différences éventuelles avec un V-DOMAIN classique.
- Collier de Perles pour le C-LIKE-DOMAIN.
  Qu'appelle-t-on C-LIKE-DOMAIN ?
  Citez trois exemples dont les Collier de Perles se trouve dans IMGT Repertoire.
- Bases de données de motifs (Pfam, PROSITE).
  (Attention Ig et CMH ensemble !)
Comparaison des données entre IMGT, OMIM, Entrez Gene, GeneCards
- Locus and Genes > List of IG and TR
  IG genes
  IGHE cliquer sur - Nom du gène
  - Localisation - Nombre d'allèles
  - Alignment of alleles
  - Protein displays
- Entrez Gene ? HGNC
  - Quelles sont les régions des chaînes des IgE qui confèrent la spécificité ?
  - Quelle est la structure de la région constante des chaînes des IgE ? (nombre de domaines)?
  - Comment s'explique la fixation des IgE sur les mastocytes ?
  - Y-a-t-il des structures connues pour les IgE et leur récepteurs ?
Alignements multiples - CLUSTAL W
- Qu'appelle-t-on EMBL-Align ? Requête IGHV dans SRS.
- Faire un alignement de 3 séquences IGHV par CLUSTAL.
- IMGT/Phylogene
  - arbre avec longueur de branches
  - arbre sans longueur de branches
  - arbre enraciné (outgroup, midpoint)
IMGT/PRIMER-DB
- Soumission d'un oligonucléotide V.
- Identification par IMGT/V-QUEST.
- Soumission d'un oligonucléotide J.
  - antisense
  - outil ou manuellement pour inverse complémentaire.

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Module Bioinformatique-Immunoinformatique (formation à distance)