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IMGT/LIGM-DB - IMGT Gene tables - Fichier à plat
Utilisation d'outils en ligne: IMGT/V-QUEST et IMGT/JunctionAnalysis

DOCUMENTS A CONSULTER :
  1. IMGT/LIGM-DB
    • Qu'est-ce qu'IMGT/LIGM-DB ? date de création ? contenu ? soumission des données ? accès ? distribution des données ? mise à jour ?
  2. IMGT "Gene tables" et Fichiers à plat

    De manière générale :
    Pour obtenir un fichier à plat de IMGT/LIGM-DB, cliquer sur le numéro d'accès dans "Gene tables" dans IMGT Repertoire ou, si le lien n'est pas activé, noter le numéro d'accès et interroger IMGT/LIGM-DB "Short path").

    • Pour TRBV, à partir de "Gene tables : TRBV Human" dans IMGT Repertoire, obtenir directement un fichier à plat (flat file) en cliquant sur le numéro d'accès (accession number AF009663 TRBV7-9)
    • Quels sont les différents types de visualisation des résultats ? Imprimer la page avec les 9 choix possibles.
    • Qu'est-ce qu'un fichier à plat (flat file) ? Comparer les fichiers à plat d'IMGT/LIGM-DB et EMBL.
    • Que signifient ID, DE, etc. ?
  3. Structure des gènes V, D et J
    • Quelle est la structure d'un gène V (à déduire des "labels" et des limites de ces "labels" pour un gène TRBV germline dans un fichier à plat) ?

      • Imprimer schéma (voir IMGT Index > Labels ; Cliquer sur Prototypes) et compléter avec positions des "labels" trouvés dans le fichier à plat.

    • Quelle est la structure d'un gène J ? (à déduire des labels et de leurs limites dans un fichier à plat de gène J germline (TRBJ). Répondre en faisant un schéma annoté.
    • Quelle est la structure d'un gène D (TRBD)? (à déduire des labels et de leurs limites dans un fichier à plat de gène D germline: noter le numéro d'accès et interroger IMGT/LIGM-DB pour obtenir un fichier à plat). Répondre en faisant un schéma annoté.
  4. IMGT/V-QUEST et IMGT/JunctionAnalysis
    • Les résultats de IMGT/V-QUEST et IMGT/JunctionAnalysis seront d'abord montrés à partir de IMGT/LIGM-DB. Ils représentent en effet une des 9 options de présentation des résultats.
      • Interroger IMGT/LIGM-DB pour obtenir X64742 ou X67741.
      • Cliquer sur l'option IMGT/V-QUEST

      Imprimer les résultats en paysage. Il vous est demandé de pouvoir commenter les résultats.

    • Utiliser ensuite IMGT/V-QUEST à partir de la page d'accueil. Cela permet à l'utilisateur d'étudier ses propres séquences. Les séquences doivent être au format FASTA.
      • Qu'appelle-t-on séquence au format FASTA ?

      Si vous ne disposez pas de séquence, vous pouvez récupérer une séquence en format FASTA à partir de IMGT/LIGM-DB (par exemple, X64742 ou X64741 obtenues précédemment).

      Voir IMGT/V-QUEST Documentation.

    • Utiliser ensuite IMGT/JunctionAnalysis

      Voir IMGT/JunctionAnalysis Documentation.