IMGT Education

Analyse des séquences

Comparer la séquence d'une jonction V-J avec les extrémités des séquences des gènes V et J "germline" correspondants (voir IMGT Repertoire > Alignments of alleles).
C'est le cas des gènes V et J des locus IGK, IGL, TRA et TRG.

Exemple: la séquence réarrangée de numéro d'accès AB006843

Lorque l'on lit les annotations IMGT (utilisation de IMGT/LIGM-DB), on remarque que cette séquence réarrangée de chaîne légère kappa est issue du réarrangement des gènes et allèles: IGKV2-28*01 [ou IGKV2D-28*01 (score identique)] et IGKJ2*01.

Si l'on examine dans IMGT Repertoire > Alignments of alleles, les gènes V et J germline dont la séquence est issue, on observe:
- des mutations somatiques (certains nucléotides diffèrent par rapport à la séquence germline)
- des délétions à l'extrémité 3' du gène V et à l'extrémité 5' du gène J: délétion de 3 nucléotides TCC en 3' de l'allèle IGKV2-28*01 et délétion de 2 nucléotides TG en 5' de l'allèle IGKJ2*01.
- ajout de nucléotides non codés dans la séquence germline: ajout d'un nucléotide C.
Comparer la séquence d'une jonction V-D-J avec les extrémités des séquences des gènes V, D et J "germline" correspondants.
C'est le cas des gènes V, D et J des locus IGH, TRB et TRD.

Exemple: la séquence réarrangée de numéro d'accès AF052379

Lorque l'on lit les annotations IMGT (utilisation de IMGT/LIGM-DB), on remarque que cette séquence réarrangée de chaîne lourde est issue du réarrangement des gènes et allèles: IGHV5-51*03, IGHD1-7*01 et IGHJ4*02.

Si l'on examine dans IMGT Repertoire > Alignments of alleles, les gènes V, D et J germline dont la séquence est issue, on observe:
- des mutations somatiques (certains nucléotides diffèrent par rapport à la séquence germline),
- des délétions à l'extrémité 3' du gène V, de part et d'autre du gène D et à l'extrémité 5' du gène J: délétion de 2 nucléotides en 5' au niveau de l'allèle IGHD1-7*01, délétion de 4 nucléotides en 5' au niveau de l'allèle IGHJ4*02.
  Dans d'autres séquences, l'on peut aussi observer des délétions à l'extrémité 3' du gène V.
- ajout de nucléotides non codés dans la séquence germline, régions de N-diversité, N1 et N2: insertion de 2 nucléotides CT (N1) entre V et D, et insertion de 5 nucléotides TCTCG (N2) entre D et J.
Est-il facile de repérer le gène D ? Pourquoi ?

Non, il n'est pas facile de repérer le gène D dans une jonction V-D-J. En effet, c'est un gène court (quelques dizaines de nucléotides seulement) qui subit des mutations somatiques ainsi que des délétions et des insertions de nucléotides (N-diversité) à ses extrémités 5' et 3'.

Recherche dans IMGT/LIGM-DB

Recherche de séquences
Exemple de requête :
- human
- productive
- Ig
- anti-TPO
Exemple de résultats:

268 séquences (à la date du 01/07/2003)
Requête sur un label
Exemple de requête: L-REGION

Exemple de résultats:

22 séquences (à la date du 01/07/2003)

Examen d'un fichier à plat (flat file)

ID:	IDentification line
AC:	ACcession number line
DT:	DaTe line
OS:	Organism Species
OC:	Organism Classification
DE:	DEscription line
KW:	KeyWord lines
FT:	Feature Table lines
R -:	RN: Reference Number, RC: Reference Comment, RP: Reference Positions, RX: Reference Cross-reference, RA: Reference Author(s), RT: Reference Title, RL: Reference Location
SQ:	SeQuence header

Utilisation de IMGT/V-QUEST

Noter par écrit le nom des gènes et des allèles V, D, et J :
Exemple :
IGHV1-69*06
IGHD3-10*01
IGHJ6*01
Exemple : la séquence de numéro d'accès M11954
- TRBV20-1*03
- TRBD2*02
- TRBJ2-3*01
Repérer la séquence nucléotidique de la jonction [du codon de la cystéine 104 (C) jusqu'à celui du tryptophane (W) ou de la phénylalanine (F) en position 118]. F ou W est repéré par le motif caractéristique du gène J : F/W-G-X-G.
Garder la fenêtre de IMGT/V-QUEST et ouvrir une seconde fenêtre (Fichier > Nouveau > Fenêtre de Navigateur).
Au niveau d'IMGT/LIGM-DB, l'option "9 IMGT/V-QUEST analysis" permet d'obtenir la traduction de la JUNCTION comme suit :
```
Translation of the JUNCTION
             104                                             118
              C   S   A   K   L   V   G   T   D   T   Q   Y   F   G   P   G
M11954       TGC AGT GCT AAA CTA GTA GGT ACA GAT ACG CAG TAT TTT GGC CCA GGC
```

Utilisation de IMGT/Junction Analysis

Consulter IMGT/JunctionAnalysis Documentation pour repérer comment présenter votre requête dans la fenêtre.
Un exemple est décrit.
Copier dans la fenêtre :
- sur la première ligne, les informations demandées
  
  >M11954,TRBV20-1*03,TRBJ2-3*01
- sur la ligne suivante, la séquence nucléotididique de la jonction (obtenue de IMGT/V-QUEST)
```
TGC AGT GCT AAA CTA GTA GGT ACA GAT ACG CAG TAT TTT
```
Analyse des résultats :

Dans notre exemple:
- nombre de nucléotides délétés en 3' du V, en 5' et 3' de D et en 5' du J
  - Pas de nucléotides délétés en 3' de la V-REGION,
  - 3 nucléotides sont délétés en 5' de la V-REGION,
  - 8 nucléotides sont délétés en 3' de la D-REGION,
  - 3 nucléotides sont délétés en 5' de la J-REGION.
- contenu "gc" des régions N
  
  Ngc=2/6, cela signifie que parmi les 6 nucléotides ajoutés lors de la N-diversité, 2 sont des C ou G.
- y-a-t-il des nucléotides P ?
  
  Oui, il s'agit d'une adénine (A) en 5' de la V-REGION.
- longueur du CDR3-IMGT
  
  Le CDR3 a une longueur de 11 acides aminés.
  En effet, la Cys 104 (2nd-CYS) et le Trp/Phe 118 (J-TRP/J-PHE) ne sont pas inclus dans le CDR3-IMGT.
  Par contre, ils font partie de la jonction et en marquent les extrémités.

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Created:: 01/07/2002
Last updated:: 22/09/2023
Authors:: Amina Mrani and Marie-Paule Lefranc
Editor:: Chantal Ginestoux

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Etude des jonctions V-J et V-D-J

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