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Position et orientation des gènes HLA-DR dans le locus MHC

DOCUMENTS A CONSULTER :
  1. Gènes HLA-DRA et HLA-DRB3

    Dans le clone correspondant à la séquence de numéro d'accès Z84814, identifier l'orientation de la transcription et la localisation des gènes HLA-DRA et HLA-DRB3.
    Méthode :
    Dans IMGT/GeneView

    • Sélectionner "Human MHC locus 6p21.3"
    • Sélectionner le gène d'intérêt dans le menu déroulant, par exemple HLA-DRA, et cliquer sur le clone (rectangle bleu) contenant ce gène
    • Lire dans le fichier à plat (flat file) du clone les informations relatives à ce gène.

    Compléter le schéma ci-dessous avec le nom des gènes, leurs positions dans le clone et leurs orientations de transcription.

    Clone

  2. Gènes HLA-DRB1 et HLA-DQA1

    Même question à partir du clone correspondant à la séquence de numéro d'accès Z84489, identifier l'orientation de la transcription et la localisation des gènes HLA-DRB1 et HLA-DQA1.

    Compléter le schéma ci-dessous avec le nom des gènes, leurs positions dans le clone et leurs orientations de transcription.

    clone

  3. Positions sur le locus MHC

    Sur le schéma récapitulatif qui représente les 2 clones par rapport à la partie correspondante du locus (extrémité télomérique à gauche et extrémité centromérique à droite) :

    • Sélectionner "complete view" dans IMGT/LocusView.
      Positionner la succession des gènes les uns par rapport aux autres : à gauche extrémité télomérique et à droite extrémité centromérique du locus MHC.
    • Indiquer le sens 5'-3' de ces clones.
    • Indiquer les positions des gènes dans ces clones telle que vous les avez définies dans les questions 1 et 2.
    • Indiquer l'orientation de transcription des gènes dans le locus.
    • Indiquer les positions des gènes dans le locus (sélectionner le gène dans IMGT/GeneSearch pour obtenir l'information).

      schema recapitulatif

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