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Position et orientation des gènes HLA-DR dans le locus MHC
(Correction)

DOCUMENTS A CONSULTER :
  1. Gènes HLA-DRA et HLA-DRB3

    Dans le clone correspondant à la séquence de numéro d'accès Z84814, identifier l'orientation de la transcription et la localisation des gènes HLA-DRA et HLA-DRB3.
    Méthode :
    Dans IMGT/GeneView

    • Sélectionner "Human MHC locus 6p21.3"
    • Sélectionner le gène d'intérêt dans le menu déroulant, par exemple HLA-DRA, et cliquer sur le clone (rectangle bleu) contenant ce gène
    • Lire dans le fichier à plat (flat file) du clone les informations relatives à ce gène.

    Compléter le schéma ci-dessous avec le nom des gènes, leurs positions dans le clone et leurs orientations de transcription.

    Clone

    • Dans le cas du gène HLA-DRA, le clone est Z84814.
      HLA-DRA est positionné sur le clone entre 90.143 .. 91.375 bp et il est spécifié qu'il s'agit de la séquence complémentaire donc sens de transcription opposé !
    • Dans le cas du gène HLA-DRB3, le clone est Z84814.
      HLA-DRB3 est positionné sur le clone entre 26.205 .. 38.916 bp

      Clone answer

  2. Gènes HLA-DRB1 et HLA-DQA1

    Même question à partir du clone correspondant à la séquence de numéro d'accès Z84489, identifier l'orientation de la transcription et la localisation des gènes HLA-DRB1 et HLA-DQA1.

    Compléter le schéma ci-dessous avec le nom des gènes, leurs positions dans le clone et leurs orientations de transcription.

    • Dans le cas du gène HLA-DRB1, le clone est Z84489.
      HLA-DRB1 est positionné sur le clone entre 61.619 .. 74.604 bp et il est spécifié qu'il s'agit de la séquence complémentaire donc sens de transcription opposé !
    • Dans le cas du gène HLA-DQA1, le clone est Z84489.
      HLA-DQA1 est positionné sur le clone entre 17.373 .. 17454 bp

      clone answer

  3. Positions sur le locus MHC

    Sur le schéma récapitulatif qui représente les 2 clones par rapport à la partie correspondante du locus (extrémité télomérique à gauche et extrémité centromérique à droite) :

    • Sélectionner "complete view" dans IMGT/LocusView.
      Positionner la succession des gènes les uns par rapport aux autres : à gauche extrémité télomérique et à droite extrémité centromérique du locus MHC.
    • Indiquer le sens 5'-3' de ces clones.
    • Indiquer les positions des gènes dans ces clones telle que vous les avez définies dans les questions 1 et 2.
    • Indiquer l'orientation de transcription des gènes dans le locus.
    • Indiquer les positions des gènes dans le locus (sélectionner le gène dans IMGT/GeneSearch pour obtenir l'information).

    schema recapitulatif answer

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