Citing IMGT dynamic tools: Sanou G., Zeitoun G. et al. IMGT® at scale: FAIR, Dynamic and Automated Tools for Immune Locus Analysis, Nucleic Acids Research. 2025;,gkaf1024. doi: 10.1093/nar/gkaf1024 (Free Article) PMID: 41091930.
Select a species and a locus:
Only IMGT available species/locus are shown in the drop-down list.

House mouse (Mus musculus) TRA locus (on chromosome 14 at 14C2 (19.7 cM)) gene repertoire per assembly:

House mouse (Mus musculus) TRAV gene numbers per subgroup in IMGT annotated assemblies:

For each available species and locus, the evaluation of a locus gene repertoire is displayed in tables per gene type: V, D, J or C.
The first column on the left lists either IMGT subgroups for V genes, or IMGT sets or subgroups for D and J genes, or IMGT gene names for constant genes. Clicking on the link provides the lists of corresponding IMGT alleles per IMGT functionality.
Columns in «IMGT annotated assemblies» display for each IMGT annotated assembly the number of IMGT genes per functionality.
The two columns in «Number of genes» are shown only if there is more than one IMGT annotated assembly. These columns display the numbers of genes which are either «common to all IMGT annotated assemblies» or «Not common to all IMGT annotated assemblies».
The numbers of IMGT genes in the tables are provided per functionality (F for functional, O for ORF, P for pseudogene). If IMGT alleles for a given IMGT gene have different functionalities, these are concatenated (for example: 1 FOP).

Subgroup IMGT annotated assembliesNumber of genes
GRCm38.p6GRCm39Common to all IMGT
annotated assemblies		Not common to all IMGT
annotated assemblies
TRAV11 F1 F1 F0
TRAV21 F1 F1 F0
TRAV35 F + 3 P5 F + 3 P5 F + 3 P0
TRAV47 F + 2 P7 F + 2 P7 F + 2 P0
TRAV54 F + 5 P4 F + 5 P4 F + 5 P0
TRAV615 F15 F15 F0
TRAV714 F14 F14 F0
TRAV84 F + 1 P4 F + 1 P4 F + 1 P0
TRAV98 F + 1 O + 2 P8 F + 1 O + 2 P8 F + 1 O + 2 P0
TRAV103 F3 F3 F0
TRAV111 F + 1 O + 1 P1 F + 1 O + 1 P1 F + 1 O + 1 P0
TRAV129 F + 1 P9 F + 1 P9 F + 1 P0
TRAV1312 F + 1 P12 F + 1 P12 F + 1 P0
TRAV149 F9 F9 F0
TRAV156 F + 3 P6 F + 3 P6 F + 3 P0
TRAV163 F3 F3 F0
TRAV171 F1 F1 F0
TRAV181 O1 O1 O0
TRAV191 F1 F1 F0
TRAV201 P1 P1 P0
TRAV211 O1 O1 O0
TRAV221 P1 P1 P0
TRAV231 P1 P1 P0
Total number of IMGT genes104 F + 4 O + 22 P
80%
3%
17%
104 F + 4 O + 22 P
80%
3%
17%
104 F + 4 O + 22 P0
House mouse (Mus musculus) TRAJ gene numbers per set or subgroup in IMGT annotated assemblies:
Set or subgroup IMGT annotated assembliesNumber of genes
GRCm38.p6GRCm39Common to all IMGT
annotated assemblies		Not common to all IMGT
annotated assemblies
TRAJ11 P1 P1 P0
TRAJ21 F1 F1 F0
TRAJ31 P1 P1 P0
TRAJ41 F1 F1 F0
TRAJ51 F1 F1 F0
TRAJ61 F1 F1 F0
TRAJ71 O1 O1 O0
TRAJ81 P1 P1 P0
TRAJ91 F1 F1 F0
TRAJ111 F1 F1 F0
TRAJ121 F1 F1 F0
TRAJ131 F1 F1 F0
TRAJ141 P1 P1 P0
TRAJ151 F1 F1 F0
TRAJ161 F1 F1 F0
TRAJ171 F1 F1 F0
TRAJ181 F1 F1 F0
TRAJ191 O1 O1 O0
TRAJ201 P1 P1 P0
TRAJ211 F1 F1 F0
TRAJ221 F1 F1 F0
TRAJ231 F1 F1 F0
TRAJ241 F1 F1 F0
TRAJ251 O1 O1 O0
TRAJ261 F1 F1 F0
TRAJ271 F1 F1 F0
TRAJ281 F1 F1 F0
TRAJ291 O1 O1 O0
TRAJ301 F1 F1 F0
TRAJ311 F1 F1 F0
TRAJ321 F1 F1 F0
TRAJ331 F1 F1 F0
TRAJ341 F1 F1 F0
TRAJ351 F1 F1 F0
TRAJ361 P1 P1 P0
TRAJ371 F1 F1 F0
TRAJ381 F1 F1 F0
TRAJ391 F1 F1 F0
TRAJ401 F1 F1 F0
TRAJ411 O1 O1 O0
TRAJ421 F1 F1 F0
TRAJ431 F1 F1 F0
TRAJ441 O1 O1 O0
TRAJ451 F1 F1 F0
TRAJ461 P1 P1 P0
TRAJ471 F1 F1 F0
TRAJ481 F1 F1 F0
TRAJ491 F1 F1 F0
TRAJ501 F1 F1 F0
TRAJ511 P1 P1 P0
TRAJ521 F1 F1 F0
TRAJ531 F1 F1 F0
TRAJ541 P1 P1 P0
TRAJ551 P1 P1 P0
TRAJ561 F1 F1 F0
TRAJ571 F1 F1 F0
TRAJ581 F1 F1 F0
TRAJ591 P1 P1 P0
TRAJ601 P1 P1 P0
TRAJ611 P1 P1 P0
Total number of IMGT genes41 F + 6 O + 13 P
68%
10%
22%
41 F + 6 O + 13 P
68%
10%
22%
41 F + 6 O + 13 P0
House mouse (Mus musculus) TRAC gene numbers per gene name in IMGT annotated assemblies:
Gene name IMGT annotated assembliesNumber of genes
GRCm38.p6GRCm39Common to all IMGT
annotated assemblies		Not common to all IMGT
annotated assemblies
TRAC1 F1 F1 F0
Total number of IMGT genes1 F
100%
1 F
100%
1 F0
House mouse (Mus musculus) TRA alleles per subgroup (set or gene name) and functionality in IMGT annotated assemblies:

The table displays IMGT alleles identified for House mouse (Mus musculus) TRA locus per subgroup and functionality (F, O, P) in IMGT annotated assemblies.
Sign # indicates IMGT genes which are not common to all IMGT annotated assemblies.

Subgroup (set or gene name) GRCm38.p6 GRCm39
F O P F O P
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