IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: Bornean orangutan (Pongo pygmaeus) IGKV
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1 | IGKV1-5 | IGKV1-5*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 693467..693973 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-8 | IGKV1-8*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 635609..636130 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-9 | IGKV1-9*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 622315..622821 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-10 | IGKV1-10*01 | P | (1) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 601141..601644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-13 | IGKV1-13*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 560100..560605 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-13-1 | IGKV1-13-1*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 541200..541706 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-16 | IGKV1-16*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 514044..514549 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-17 | IGKV1-17*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 497922..498427 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-18 | IGKV1-18*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 480316..480821 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-19 | IGKV1-19*01 | ORF | (2) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 460510..461006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-22 | IGKV1-22*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 427255..427758 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-23 | IGKV1-23*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 414055..414569 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-24 | IGKV1-24*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 408282..408787 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-27 | IGKV1-27*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 354200..354705 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-28 | IGKV1-28*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 336741..337246 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-35 | IGKV1-35*01 | P | (3) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 310157..310652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-41 | IGKV1-41*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 272392..272898 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-47 | IGKV1-47*01 | P | (4) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 230836..231128 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-48 | IGKV1-48*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 219320..219824 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-52 | IGKV1-52*01 | ORF | (5) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 189509..190012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-54 | IGKV1-54*01 | P | (6) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 170855..171353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-58 | IGKV1-58*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 126769..127273 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-65 | IGKV1-65*01 | P | (7) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(43115..43615) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-67 | IGKV1-67*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(26813..27311) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV1-69-1 | IGKV1-69-1*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(3800..4297) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2 | IGKV2-4 | IGKV2-4*01 | P | (6) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 703088..703846 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-11 | IGKV2-11*01 | P | (8) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 583850..>584150 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-20 | IGKV2-20*01 | P | (9) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 449953..450710 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-25 | IGKV2-25*01 | P | (10) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 375711..376501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-36 | IGKV2-36*01 | P | (3) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 308328..309362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-38 | IGKV2-38*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 289463..290241 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-39 | IGKV2-39*01 | P | (11) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <282402..282696 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-43 | IGKV2-43*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 263854..264617 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-44 | IGKV2-44*01 | P | (6) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 251424..252181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-45 | IGKV2-45*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 240761..241579 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-49 | IGKV2-49*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 204107..204867 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-50 | IGKV2-50*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 197251..198106 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-53 | IGKV2-53*01 | P | (12) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 184535..185322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-55 | IGKV2-55*01 | P | (13) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 161107..161874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-55-1 | IGKV2-55-1*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 143613..144391 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-56 | IGKV2-56*01 | P | (14) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 135650..136419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-61 | IGKV2-61*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 107181..107927 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-63 | IGKV2-63*01 | P | (15) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(55779..57271) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-64 | IGKV2-64*01 | P | (16) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(49066..49367) | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV2-66 | IGKV2-66*01 | P | (3) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(36580..37328) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV3 | IGKV3-7 | IGKV3-7*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 659738..660280 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV3-12 | IGKV3-12*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 575403..575936 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV3-15 | IGKV3-15*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 528707..529256 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV3-21 | IGKV3-21*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 446235..446778 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV3-26 | IGKV3-26*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 368817..369360 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV3-37 | IGKV3-37*01 | P | (17) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 293500..293759 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV3-46 | IGKV3-46*01 | P | (18) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 234356..234923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV3-51 | IGKV3-51*01 | P | (19) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <192701..>192972 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV3-57 | IGKV3-57*01 | P | (20) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 129959..>130209 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV3-69 | IGKV3-69*01 | P | (3) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(9973..10544) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV4 | IGKV4-1 | IGKV4-1*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(752555..753168) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV5 | IGKV5-2 | IGKV5-2*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(740736..741255) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV6 | IGKV6-6 | IGKV6-6*01 | P | (21) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 678880..679467 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV6-30 | IGKV6-30*01 | ORF | (22) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 323611..324193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV6-34 | IGKV6-34*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 322939..323520 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV7 | IGKV7-3 | IGKV7-3*01 | F | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | 717919..718551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV9 | IGKV9-62 | IGKV9-62*01 | ORF | (22) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(63364..64264) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV9-68 | IGKV9-68*01 | P | (23) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(<15351..>15607) | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II) | IGKV(II)-5-1 | IGKV(II)-5-1*01 | P | (24) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <685504..>685732 | (26) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II)-13-1 | IGKV(II)-13-1*01 | P | (24) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <551368..>551596 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II)-13-2 | IGKV(II)-13-2*01 | P | (24) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <536675..>536906 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II)-29 | IGKV(II)-29*01 | P | (24) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <328827..>329055 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II)-40 | IGKV(II)-40*01 | P | 25) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <277889..278085 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II)-42 | IGKV(II)-42*01 | P | (24) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <266749..>267019 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II)-43-1 | IGKV(II)-43-1*01 | P | (24) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <255644..>255877 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II)-54-1 | IGKV(II)-54-1*01 | P | (24) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <165845..>166051 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II)-59 | IGKV(II)-59*01 | P | (24) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <116778..>116992 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II)-60 | IGKV(II)-60*01 | P | (24) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | <111524..>111730 | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGKV(II)-61-1 | IGKV(II)-61-1*01 | P | (24) | 2A | AG05252 | NC_072374.1 | IMGT000146 | MAP | complement(<68470..>68757) | (26) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT notes:
- (1) frameshift in L-PART2
- (2) no CONSERVED-TRP:Arg instead of Trp
- (3) frameshift in V-REGION
- (4) frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions, no V-NONAMER
- (5) no 1st-CYS:Ser instead of Cys
- (6) STOP-CODON in V-REGION
- (7) no CONSERVED-TRP:STOP-CODON instead of Trp
- (8) frameshift in V-REGION: deletion of 1 nt in FR3-IMGT, no V-RS
- (9) no INIT-CODON:Val instead of Met, STOP-CODON in L-PART1
- (10) frameshift in FR1-IMGT:deletion of 1 nt, no INIT-CODON:Val instead of Cys, noncanonical DONOR-SPLICE:nct instead of ngt
- (11) partial in 5', frameshift in V-REGION: deletion of 1 nt in FR2-IMGT, no L-PART1, no L-PART2
- (12) frameshift in FR1-IMGT:deletion of 1 nt, no INIT-CODON:Val instead of Cys, noncanonical DONOR-SPLICE:nct instead of ngt
- (13) no INIT-CODON:Thr instead of Met
- (14) no INIT-CODON:Lys instead of Met, frameshift in V-REGION: deletion of 1 nt in FR2-IMGT
- (15) partial gene in 5', no L-PART2, frameshifts in V-REGION: insertion of 4 nt and deletion of 1 nt in FR3-IMGT
- (16) no INIT-CODON:Thr instead of Met, STOP-CODON in L-PART1, STOP-CODON in V-REGION: position 27, no V-NONAMER
- (17) no L-PART1, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (18) no INIT-CODON:Thr instead of Met, STOP-CODON in L-PART1, frameshift in V-REGION: deletion of 2 nt in FR1-IMGT
- (19) no INIT-CODON:Thr instead of Met, frameshift in L-PART2, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions, no V-RS
- (20) partial gene in 3, STOP-CODON in L-PART1, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (21) STOP-CODON in L-PART1
- (22) noncanonical V-NONAMER
- (23) STOP-CODON in L-PART1, no L-PART2, frameshifts in V-REGION: insertion of 2 nt and deletion of 2 nt in FR3-IMGT, no V-RS
- (24) no L-PART1, no L-PART2, no V-RS
- (25) no L-PART1, no L-PART2, no V-NONAMER
- (26) Position of V-REGION
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 27/07/2023
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Shamsa Batool
