"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
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Channel catfish (Ictalurus punctatus) genes are designated by a number for the subgroup, following by the letter S and a number.
IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | R | T | Pr | Positions in the locus | IMGT/LIGM-DB reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Strain | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (V-REGION) | Secondary accession numbers | Strain | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (V-REGION) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1 | IGHV1-1 | IGHV1-1*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 182590-182878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1-23 | IGHV1-23*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 104337-104631 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S1 | IGHV1S1*01 | F | VH1.1 | U09719 | [2] | 436-730 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S2 | IGHV1S2*01 | F | VH1 | AF068137 | [3] | 550-844 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S3 | IGHV1S3*01 | (F) | + | + | VDJ | AF068137 | [3] | ~VDJ | 550-844 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S4 | IGHV1S4*01 | (F) | + | + | NG70 | M27230 | [4] | #c | 110-403 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S5 | IGHV1S5*01 | (F) | + | + | NG64 | M58673 | [5] | #c | 104-397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S6 | IGHV1S6*01 | (F) | + | + | U67437 | [6] | #c | 49-342 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S7 | IGHV1S7*01 | (F) | + | + | U67439 | [6] | (1) | #c | 1-289 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S8 | IGHV1S8*01 | (F) | + | + | 1.rh6 | AF161275 | [7] | (1) | #c | 1-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S9 | IGHV1S9*01 | (F) | + | + | 1.rh16 | AF161276 | [7] | (1) | #c | 1-228 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S10 | IGHV1S10*01 | (F) | + | + | 1.rh17 | AF161278 | [7] | (1) | #c | 1-222 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2 | IGHV2-31 | IGHV2-31*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (2) | 46896-47182 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2-6 | IGHV2-6*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 166355-166644 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S1 | IGHV2S1*01 | P | VH2.1 | U09720 | [2] | (3) | 322-609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S2 | IGHV2S2*01 | (F) | + | + | NG41 | M58671 | [5] | #c | 31-321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S3 | IGHV2S3*01 | (F) | + | + | NG22 | M58670 | [5] | #c | 75-365 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S4 | IGHV2S4*01 | (F) | + | + | NG77 | M58675 | [5] | #c | 66-356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S5 | IGHV2S5*01 | (F) | + | + | U67441 | [6] | #c | 34-324 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S6 | IGHV2S6*01 | (F) | + | + | 2.rh12 | AF161279 | [7] | (1) | #c | 1-225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S7 | IGHV2S7*01 | (F) | + | + | 6D05AVH2 | AY238359 | [8] | #c | 61-351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3 | IGHV3-13 | IGHV3-13*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 133967-134259 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3-17 | IGHV3-17*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 122618-122915 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3-29 | IGHV3-29*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 53752-54049 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3-3 | IGHV3-3*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 175520-175817 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3-33 | IGHV3-33*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 39035-39329 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3-37 | IGHV3-37*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 27723-28020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3-9 | IGHV3-9*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (4) | 145516-145813 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3S1 | IGHV3S1*01 | F | VH3.1 | U09721 | [2] | 388-679 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3S2 | IGHV3S2*01 | F | VH3 | AF068137 | [3] | 550-844 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3S4 | IGHV3S4*01 | (F) | + | + | NG21 | M58669 | [5] | #c | 45-341 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3S5 | IGHV3S5*01 | (F) | + | + | U67442 | [6] | (1) | #c | 1-265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3S7 | IGHV3S7*01 | (F) | + | + | 3.rh12 | AF161273 | [7] | (1) | #c | 1-225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3S8 | IGHV3S8*01 | (F) | + | + | 3.rh11 | AF161274 | [7] | (1) | #c | 1-231 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV3S10 | IGHV3S10*01 | (F) | + | + | 6F03AVH3 | AY238360 | [8] | #c | 99-395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV4 | IGHV4-16 | IGHV4-16*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (5) | 125004-125299 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV4-28 | IGHV4-28*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (6) | 55084-55377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV4-36 | IGHV4-36*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (5) | 30111-30406 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV4-8 | IGHV4-8*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (6) | 146847-147140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV4S1 | IGHV4S1*01 | F | VH4.1 | U09722 | [2] | 293-593 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV4S3 | IGHV4S3*01 | (F) | + | + | U67443 | [6] | (1) | #c | 1-270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV5 | IGHV5-14 | IGHV5-14*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (7) | 131271-131595 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV5-34 | IGHV5-34*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (7) | 36357-36681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV5-42 | IGHV5-42*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (3) | 5424-5729 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV5-5 | IGHV5-5*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 169354-169657 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV5S1 | IGHV5S1*01 | P | VH5.1 | U09723 | [2] | (3) | 258-602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV5S2 | IGHV5S2*01 | (F) | + | + | NG66 | M58674 | [5] | #c | 70-375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV5S3 | IGHV5S3*01 | (F) | + | + | U67444 | [6] | (1) | #c | 1-270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV5S4 | IGHV5S4*01 | (F) | + | + | 5.rh8 | AF161281 | [7] | (1) | #c | 1-243 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV5S5 | IGHV5S5*01 | (F) | + | + | 6A10AVH5 | AY238361 | [8] | #c | 86-391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6 | IGHV6-11 | IGHV6-11*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (6) | 138737-139022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6-12 | IGHV6-12*01 | ORF | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (8) | 137088-137390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6-19 | IGHV6-19*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 112960-113260 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6-21 | IGHV6-21*01 | ORF | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (9) | 107391-107688 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6-32 | IGHV6-32*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (10) | 45252-45552 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6-39 | IGHV6-39*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 19182-19482 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6-41 | IGHV6-41*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (3) | 8977-9273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6S1 | IGHV6S1*01 | F | VH6.1 | U09724 | [2] | 348-648 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6S2 | IGHV6S2*01 | (F) | + | + | M64400 | [9] | #c | 49-348 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6S3 | IGHV6S3*01 | (F) | + | + | U67445 | [6] | (1) | #c | 1-270 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6S4 | IGHV6S4*01 | (F) | + | + | 6.rh11 | AF161271 | [7] | (1) | #c | 1-237 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6S5 | IGHV6S5*01 | (F) | + | + | 6.rh14 | AF161280 | [7] | (1) | #c | 1-234 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV6S6 | IGHV6S6*01 | (F) | + | + | 2G12AVH6 | AY238362 | [8] | #c | 70-369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7 | IGHV7-10 | IGHV7-10*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 141443-141741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7-15 | IGHV7-15*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 128970-129268 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7-18 | IGHV7-18*01 | ORF | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (11) | 117747-118046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7-25 | IGHV7-25*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (12) | 86913-87181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7-30 | IGHV7-30*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 49583-49881 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7-35 | IGHV7-35*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 34054-34352 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7-38 | IGHV7-38*01 | ORF | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (11) | 23974-24273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7-43 | IGHV7-43*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 2117-2415 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7S1 | IGHV7S1*01 | P | VH7.1 | U34412 | [10] | (3) | 303-594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7S2 | IGHV7S2*01 | (F) | + | + | cVH7c | U34411 | [10] | #c | 9-302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7S3 | IGHV7S3*01 | (F) | + | + | cVH7a | U34410 | [10] | #c | 9-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7S4 | IGHV7S4*01 | (F) | + | + | U67446 | [6] | #c | 9-305 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7S5 | IGHV7S5*01 | (F) | + | + | 3B06AVH7 | AY238363 | [8] | #c | 111-407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7S6 | IGHV7S6*01 | (F) | + | + | 1C09AVH7 | AY238364 | [8] | #c | 112-408 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV7S7 | IGHV7S7*01 | (F) | + | + | VH7E | AY238375 | [8] | #c | 9-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV8 | IGHV8S1 | IGHV8S1*01 | F | VH8.1 | AY238377 | [8] | (13) | 255-555 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV8S2 | IGHV8S2*01 | (F) | + | + | 3G01AVH8 | AY238365 | [8] | #c | 93-392 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV8S3 | IGHV8S3*01 | (F) | + | + | 3H01AVH8 | AY238366 | [8] | #c | 91-390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV8S4 | IGHV8S4*01 | (F) | + | + | VH8_A1 | AY238376 | [8] | #c | 9-308 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV9 | IGHV9-20 | IGHV9-20*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 110429-110729 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV9-40 | IGHV9-40*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (4) | 12179-12473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV9S1 | IGHV9S1*01 | F | VH9.1 | AY238378 | [8] | 276-570 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV9S2 | IGHV9S2*01 | (F) | + | + | 2D04AVH9 | AY238367 | [8] | #c | 81-374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV9S3 | IGHV9S3*01 | (F) | + | + | 1G11AVH9 | AY238368 | [8] | #c | 81-374 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV10 | IGHV10-24 | IGHV10-24*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (7) | 88487-88757 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV10S1 | IGHV10S1*01 | P | VH10.1 | AY238379 | [8] | (14) | 291-574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV10S2 | IGHV10S2*01 | (F) | + | + | 2G01AVH10 | AY238369 | [8] | #c | 126-407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV10S3 | IGHV10S3*01 | (F) | + | + | 1G07AVH10 | AY238370 | [8] | #c | 52-333 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV11 | IGHV11-2 | IGHV11-2*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 179867-180160 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV11-22 | IGHV11-22*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 105409-105702 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV11S1 | IGHV11S1*01 | P | VH11.1 | AY238380 | [8] | (3) | 332-617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV12 | IGHV12-27 | IGHV12-27*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 68743-69034 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV12-7 | IGHV12-7*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 160689-160980 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV12S1 | IGHV12S1*01 | F | VH12.1 | AY238381 | [8] | 359-650 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV12S2 | IGHV12S2*01 | (F) | + | + | 2G09AVH12 | AY238373 | [8] | #c | 83-373 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV13 | IGHV13-26 | IGHV13-26*01 | P | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | (15) | 85973-86268 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV13S1 | IGHV13S1*01 | P | VH13.1 | AY238382 | [8] | (3) | 273-567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV13S2 | IGHV13S2*01 | (P) | VH13 | AY238374 | [8] | (4) | #c | 81-374 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV14 | IGHV14-4 | IGHV14-4*01 | F | BAC9_6 | DQ400445 | [1] | 173805-174109 |
#c: rearranged cDNA
~VDJ: VDJ genomic DNA rearranged in the locus.