IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: Crab-eating macaque (Macaca fascicularis) TRBV
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV1 | TRBV1-1 | TRBV1-1*01 | P | (14) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 12557..13045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV1-2 | TRBV1-2*01 | P | (1) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 32385..32872 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV1-3 | TRBV1-3*01 | P | (1) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 48465..48950 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV2 | TRBV2-1 | TRBV2-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 14403..14871 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV2-2 | TRBV2-2*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 34223..34697 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV2-3 | TRBV2-3*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 50322..50796 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV3 | TRBV3-1 | TRBV3-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 21343..21838 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV3-2 | TRBV3-2*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 41786..42284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV3-3 | TRBV3-3*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 56818..57313 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV3-4 | TRBV3-4*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 94916..95411 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV4 | TRBV4-1 | TRBV4-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 25987..26479 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV4-2 | TRBV4-2*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 61185..61677 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV4-3 | TRBV4-3*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 98341..98842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV5 | TRBV5-1 | TRBV5-1*01 | P | (2) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 72129..72636 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV5-2 | TRBV5-2*01 | P | (3) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 101695..102204 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV5-3 | TRBV5-3*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 145979..146484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV5-4 | TRBV5-4*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 219509..220014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV5-5 | TRBV5-5*01 | P | (4) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 241417..241922 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV5-6 | TRBV5-6*01 | P | (5) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 259973..260480 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV5-7 | TRBV5-7*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 276601..277105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV5-8 | TRBV5-8*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 305265..305770 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV5-9 | TRBV5-9*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 325267..325771 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV5-10 | TRBV5-10*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 345668..346173 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV6 | TRBV6-1 | TRBV6-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 80269..80739 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV6-2 | TRBV6-2*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 110114..110585 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV6-2-1 | TRBV6-2-1*01 | ORF | (6) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 112915..>113161 | (16) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV6-3 | TRBV6-3*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 207391..207865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV6-4 | TRBV6-4*01 | P | (4) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 224831..225302 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV6-5 | TRBV6-5*01 | ORF | (7) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 244755..245226 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV6-5-1 | TRBV6-5-1*01 | P | (5) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 267290..267765 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV6-6 | TRBV6-6*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 282680..283148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV6-7 | TRBV6-7*01 | P | (5) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 312738..313208 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV6-8 | TRBV6-8*01 | ORF | (8) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 332589..333060 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7 | TRBV7-1 | TRBV7-1*01 | P | (15) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 84116..84662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7-2 | TRBV7-2*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 117926..118464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7-3 | TRBV7-3*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 140536..141035 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7-4 | TRBV7-4*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 211552..212100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7-5 | TRBV7-5*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 230937..231461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7-6 | TRBV7-6*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 249332..249846 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7-7 | TRBV7-7*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 271533..272039 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7-7-1 | TRBV7-7-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 296776..297310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7-8 | TRBV7-8*01 | P | (5) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 317110..317635 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7-9 | TRBV7-9*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 336831..337368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV7-10 | TRBV7-10*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 356394..356903 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV8 | TRBV8-1 | TRBV8-1*01 | P | (9) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 123994..124272 | (16) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV8-2 | TRBV8-2*01 | P | (5) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 142744..143254 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV9 | TRBV9 | TRBV9*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 148654..149167 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV10 | TRBV10-1 | TRBV10-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 157029..157517 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV10-2 | TRBV10-2*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 181135..181623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV10-3 | TRBV10-3*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 370472..370960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV11 | TRBV11-1 | TRBV11-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 168570..169058 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV11-2 | TRBV11-2*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 190305..190784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV11-3 | TRBV11-3*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 381527..382003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV12 | TRBV12-1 | TRBV12-1*01 | ORF | (10) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 197173..197654 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV12-2 | TRBV12-2*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 387119..387604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV12-3 | TRBV12-3*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 390387..390872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV12-4 | TRBV12-4*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 405741..406226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV13 | TRBV13 | TRBV13*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 363195..363717 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV14 | TRBV14 | TRBV14*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 412781..413262 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV15 | TRBV15 | TRBV15*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 418847..419354 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV16 | TRBV16 | TRBV16*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 424913..425405 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV17 | TRBV17 | TRBV17*01 | P | (9) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | <427817..428068 | (16) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV18 | TRBV18 | TRBV18*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 439815..440472 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV19 | TRBV19 | TRBV19*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 443064..443579 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV20 | TRBV20-1 | TRBV20-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 450827..451530 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV21 | TRBV21-1 | TRBV21-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 461116..461613 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV22 | TRBV22-1 | TRBV22-1*01 | P | (11) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 465966..466385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV23 | TRBV23-1 | TRBV23-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 470069..470590 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV24 | TRBV24-1 | TRBV24-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 482214..482730 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV25 | TRBV25-1 | TRBV25-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 490056..490562 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV26 | TRBV26 | TRBV26*01 | P | (5) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 510879..511401 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV27 | TRBV27 | TRBV27*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 530920..531431 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV28 | TRBV28 | TRBV28*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 536246..536768 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV29 | TRBV29-1 | TRBV29-1*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 555899..556559 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBV30 | TRBV30 | TRBV30*01 | F | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | complement(733441..734183) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBVA | TRBVA | TRBVA*01 | P | (12) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 497464..497957 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBVB | TRBVB | TRBVB*01 | P | (12) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | 526944..527459 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRBVC | TRBVC | TRBVC*01 | P | (13) | 3 | CM001921.1 | IMGT000075 | MAP | complement(<532438..532521) | (16) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MAP: Mapped reference sequences.
IMGT notes:
- (1) frameshift in L-PART1 and frameshift in V-REGION: deletion of 1 nt in FR3-IMGT
- (2) No INIT-CODON.
- (3) No INIT-CODON and STOP-CODON in V-REGION.
- (4) STOP-CODON in V-REGION.
- (5) frameshift in V-REGION.
- (6) functionality defined for the available sequence of the gene (partial V-REGION in 5' because of gaps in the sequence).
- (7) noncanonical DONOR-SPLICE and noncanonical V-NONAMER.
- (8) noncanonical V-NONAMER.
- (9) no L-PART1, frameshifts in V-REGION.
- (10) noncanonical DONOR-SPLICE, noncanonical V-HEPTAMER and noncanonical V-NONAMER.
- (11) no INIT-CODON, frameshifts in L-PART1.
- (12) no INIT-CODON, frameshift in L-PART1 and frameshifts in V-REGION.
- (13) truncated and degenerated pseudogene.
- (14) frameshift in L-PART1
- (15) frameshift in L-PART1, STOP-CODON in V-REGION: position 41 and 42
- (16) Positions in V-REGION
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 06/07/2021
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Joumana Jabado-Michaloud
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