"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
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The Nurse shark (Ginglymostoma cirratum) IGHV genes may be found rearranged to IGHJ associated to IGHM (2), IGHN (3) and IGHW (4) in different cassettes.
IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | R | T | Pr | Positions in the locus | IMGT/LIGM-DB reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Strain | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence | Secondary accession numbers | Strain | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1 | (2) | IGHV1S1 | IGHV1S1*01 | (F) | + | + | M92851 | [1] | #c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S2 | IGHV1S2*01 | (F) | + | + | IgM1gj | AF327520 | [4] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV1S3 | IGHV1S3*01 | (F) | + | + | U51450 | [5] | #c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2 | (3) | IGHV2S1 | IGHV2S1*01 | F | G11 | L38965 | [2] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S2 | IGHV2S2*01 | F | JIIR11 | L38966 | [2] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S3 | IGHV2S3*01 | F | JIIR5 | L38967 | [2] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S4 | IGHV2S4*01 | F | JIIRB5 | L38968 | [2] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S5 | IGHV2S5*01 | (F) | + | + | 1.3 | U18680 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S6 | IGHV2S6*01 | (F) | + | + | 10N | U18681 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S7 | IGHV2S7*01 | (F) | + | + | 12A | U18682 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S8 | IGHV2S8*01 | (F) | + | + | 12J | U18683 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S9 | IGHV2S9*01 | (F) | + | + | 12K | U18684 | [2] | (1) | #c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S10 | IGHV2S10*01 | (F) | + | + | 12P | U18685 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S11 | IGHV2S11*01 | (F) | + | + | 1A | U18686 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S12 | IGHV2S12*01 | (F) | + | + | 1C | U18687 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S13 | IGHV2S13*01 | (F) | + | + | 1I | U18688 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S14 | IGHV2S14*01 | (F) | + | + | 1Is | U18689 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S15 | IGHV2S15*01 | (F) | + | + | 1NDs | U18690 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S16 | IGHV2S16*01 | (F) | + | + | 2A | U18691 | [2] | (1) | #c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S17 | IGHV2S17*01 | (F) | + | + | 2As | U18692 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S18 | IGHV2S18*01 | (F) | + | + | 2D | U18693 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S19 | IGHV2S19*01 | (F) | + | + | 2E | U18694 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S20 | IGHV2S20*01 | (F) | + | + | 2H | U18695 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S21 | IGHV2S21*01 | (F) | + | + | 2K | U18696 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S22 | IGHV2S22*01 | (F) | + | + | 2L | U18697 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S23 | IGHV2S23*01 | (F) | + | + | 2P | U18698 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S24 | IGHV2S24*01 | (F) | + | + | 2T | U18699 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S25 | IGHV2S25*01 | (F) | + | + | 3-10 | U18700 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S26 | IGHV2S26*01 | (F) | + | + | 3-4 | U18701 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S27 | IGHV2S27*01 | (F) | + | + | 3-9 | U18702 | [2] | (1) | #c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S28 | IGHV2S28*01 | (F) | + | + | 3G | U18703 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S29 | IGHV2S29*01 | (P) | + | + | 3G1 | U18704 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S30 | IGHV2S30*01 | (F) | + | + | 3H1 | U18705 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S31 | IGHV2S31*01 | (F) | + | + | 3L | U18706 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S32 | IGHV2S32*01 | (F) | + | + | 3M | U18707 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S33 | IGHV2S33*01 | (F) | + | + | 3N | U18708 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S34 | IGHV2S34*01 | (F) | + | + | 3NB | U18709 | [2] | (1) | #c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S35 | IGHV2S35*01 | (F) | + | + | 3NG | U18710 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S36 | IGHV2S36*01 | (F) | + | + | 3NKs | U18711 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S37 | IGHV2S37*01 | (F) | + | + | 3S | U18712 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S38 | IGHV2S38*01 | (F) | + | + | 4.1 | U18713 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S39 | IGHV2S39*01 | (F) | + | + | 4Fs | U18714 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S40 | IGHV2S40*01 | (F) | + | + | 4J | U18715 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S41 | IGHV2S41*01 | (F) | + | + | 5A | U18716 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S42 | IGHV2S42*01 | (F) | + | + | 5Fs | U18717 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S43 | IGHV2S43*01 | (F) | + | + | 5H | U18718 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S44 | IGHV2S44*01 | (F) | + | + | 5NB | U18719 | [2] | (1) | #c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S45 | IGHV2S45*01 | (F) | + | + | 5NC | U18720 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S46 | IGHV2S46*01 | (F) | + | + | 7A | U18721 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S47 | IGHV2S47*01 | (F) | + | + | 7B | U18722 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S48 | IGHV2S48*01 | (F) | + | + | 9 F | U18723 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S49 | IGHV2S49*01 | (F) | + | + | 9K | U18724 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S50 | IGHV2S50*01 | (F) | + | + | 5D | U18725 | [2] | #c | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGHV2S51 | IGHV2S51*01 | (F) | + | + | 1N | U18726 | [2] | #c |
#c: rearranged cDNA.
In the absence of genomic sequences and maps, it is not possible to know if sequences differing by a few nucleotides derive from allelic genes or from duplicated clusters. Sequences which differ by <5 nucleotides are shown below:
IGHV gene and allele names (Accession numbers) | Nucleotide differences | |
---|---|---|
IGHV2S1*01 (L38965) | IGHV2S3*01 (L38967) | a18>c; t19>c |
IGHV2S4*01 (L38968) | IGHV2S25*01 (U18700) | g18>c; g83>c; t87>c; g88>t |
IGHV2S4*01 (L38968) | IGHV2S37*01 (U18712) | g18>a; c84>t; t121>c; g223>c |
IGHV2S4*01 (L38968) | IGHV2S45*01 (U18720) | g18>a |
IGHV2S4*01 (L38968) | IGHV2S46*01 (U18721) | g18>a |
IGHV2S9*01 (U18684) | IGHV2S46*01 (U18721) | t21>a; c22>g; t75>a; t76>a |
IGHV2S25*01 (U18700) | IGHV2S45*01 (U18720) | c83>g; c87>t; t88>g |
IGHV2S25*01 (U18700) | IGHV2S46*01 (U18721) | c83>g; c87>t; t88>g |
IGHV2S32*01 (U18707) | IGHV2S46*01 (U18721) | a89>c; t122>c; a144>c; g198>t |
IGHV2S37*01 (U18712) | IGHV2S45*01 (U18720) | t84>c; c121>t; c223>g; t249>c |
IGHV2S37*01 (U18712) | IGHV2S46*01 (U18721) | t88>g; t84>c; c121>t; c223>g |