IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: Rhesus monkey (Macaca mulatta) TRAJ
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ1 | TRAJ1 | TRAJ1*01 | P | (1) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 962291..962379 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ2 | TRAJ2 | TRAJ2*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 961325..961418 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ2*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1050073..1050166 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ3 | TRAJ3 | TRAJ3*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 960755..960844 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ4 | TRAJ4 | TRAJ4*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 959788..959878 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ5 | TRAJ5 | TRAJ5*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 958233..958320 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ6 | TRAJ6 | TRAJ6*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 957060..957149 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ7 | TRAJ7 | TRAJ7*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 955615..955699 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ8 | TRAJ8 | TRAJ8*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 954142..954229 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ9 | TRAJ9 | TRAJ9*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 953547..953635 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ10 | TRAJ10 | TRAJ10*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 951595..951686 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ11 | TRAJ11 | TRAJ11*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 950598..950685 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ12 | TRAJ12 | TRAJ12*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 950036..950123 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ12*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1038779..1038866 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ13 | TRAJ13 | TRAJ13*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 949178..949268 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ14 | TRAJ14 | TRAJ14*01 | ORF | (2) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 948416..948495 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ15 | TRAJ15 | TRAJ15*01 | ORF | (3) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 947717..947804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ15*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1036461..1036548 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ16 | TRAJ16 | TRAJ16*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 946599..946686 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ17 | TRAJ17 | TRAJ17*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 945216..945306 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ18 | TRAJ18 | TRAJ18*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 944022..944115 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ19 | TRAJ19 | TRAJ19*01 | ORF | (4) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 943640..943722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ19*02 | ORF | (4) | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1032385..1032467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ20 | TRAJ20 | TRAJ20*01 | ORF | (5) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 942709..942793 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ20*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1031454..1031538 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ21 | TRAJ21 | TRAJ21*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 941997..942079 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ22 | TRAJ22 | TRAJ22*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 940444..940534 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ22*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1029189..1029279 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ23 | TRAJ23 | TRAJ23*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 938822..938912 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ24 | TRAJ24 | TRAJ24*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 938392..938482 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ25 | TRAJ25 | TRAJ25*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 937213..937300 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ26 | TRAJ26 | TRAJ26*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 936844..936931 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ26*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1025591..1025678 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ27 | TRAJ27 | TRAJ27*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 934662..934748 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ28 | TRAJ28 | TRAJ28*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 934012..934105 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ29 | TRAJ29 | TRAJ29*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 932655..932742 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ30 | TRAJ30 | TRAJ30*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 931568..931652 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ31 | TRAJ31 | TRAJ31*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 929690..929774 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ32 | TRAJ32 | TRAJ32*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 928064..928157 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ32*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1016822..1016915 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ33 | TRAJ33 | TRAJ33*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 927329..927413 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ34 | TRAJ34 | TRAJ34*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 926327..926410 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ34*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1015086..1015171 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ35 | TRAJ35 | TRAJ35*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 925308..925394 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ35*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1014065..1014151 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ36 | TRAJ36 | TRAJ36*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 923764..923850 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ37 | TRAJ37 | TRAJ37*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 922713..922802 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ38 | TRAJ38 | TRAJ38*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 921187..921276 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ39 | TRAJ39 | TRAJ39*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 920561..920651 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ40 | TRAJ40 | TRAJ40*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 918641..918729 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ41 | TRAJ41 | TRAJ41*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 916612..916701 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ42 | TRAJ42 | TRAJ42*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 915842..915935 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ42*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1004592..1004685 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ43 | TRAJ43 | TRAJ43*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 914861..914942 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ44 | TRAJ44 | TRAJ44*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 913766..913856 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ44*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1002516..1002606 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ45 | TRAJ45 | TRAJ45*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 912870..912963 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ45*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 1001620..1001713 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ46 | TRAJ46 | TRAJ46*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 912348..912438 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ47 | TRAJ47 | TRAJ47*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 911788..911872 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ48 | TRAJ48 | TRAJ48*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 909866..909956 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ49 | TRAJ49 | TRAJ49*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 908873..908956 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ49*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 997630..997713 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ50 | TRAJ50 | TRAJ50*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 907992..908079 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ51 | TRAJ51 | TRAJ51*01 | ORF | (6) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 906577..906667 | CH250-384L17 | IMGT000026 | 145158..145248 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ52 | TRAJ52 | TRAJ52*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 905625..905721 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ52*02 | F | 7 | IMGT000026 | 144206..144302 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ53 | TRAJ53 | TRAJ53*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 902412..902505 | CH250-384L17 | IMGT000026 | 140993..141086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ54 | TRAJ54 | TRAJ54*01 | F | (7) | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 901209..901296 | CH250-384L17 | IMGT000026 | 140258..140345 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ55 | TRAJ55 | TRAJ55*01 | P | (8) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 900610..900694 | CH250-384L17 | IMGT000026 | 139658..139742 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ56 | TRAJ56 | TRAJ56*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 898425..898514 | CH250-384L17 | IMGT000026 | 137473..137562 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ57 | TRAJ57 | TRAJ57*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 897762..897852 | CH250-384L17 | IMGT000026 | 136810..136900 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ58 | TRAJ58 | TRAJ58*01 | F | (9) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 896604..896694 | CH250-384L17 | IMGT000026 | 135652..135742 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ59 | TRAJ59 | TRAJ59*01 | P | (10) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 895466..895553 | CH250-384L17 | IMGT000026 | 134514..134600 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ60 | TRAJ60 | TRAJ60*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 895219..895303 | CH250-384L17 | IMGT000026 | 134267..134351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ60*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 997630..997713 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ61 | TRAJ61 | TRAJ61*01 | ORF | (11) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 894226..894313 | CH250-384L17 | IMGT000026 | 133274..133361 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT notes:
- (1) STOP-CODON in J-REGION: position 8
- (2) noncanonical J-MOTIF: SGXG instead of FGXG, unexpected J-SPACER length: 7 nt instead of 12 nt
- (3) noncanonical J-MOTIF: FVXG instead of FGXG
- (4) noncanonical J-MOTIF: FGXS instead of FGXG, noncanonical J-NONAMER: tgattttgc instead of ggtttttgt, unexpected J-SPACER length: 7 nt instead of 12 nt and noncanonical J-HEPTAMER: agatgtg instead of cactgtg
- (5) noncanonical J-MOTIF: FGXR instead of FGXG
- (6) noncanonical J-NONAMER: agtcgttgt instead of ggtttttgt, noncanonical J-HEPTAMER: agcaggg instead of cactgtg, noncanonical J-MOTIF: FGXE instead of FGXG and noncanonical DONOR-SPLICE: ngc instead of ngt
- (7) unexpected J-SPACER length: 9 nt instead of 12 nt, however this J-GENE has been gound rearranged
- (8) STOP-CODON in J-REGION: position 4
- (9) STOP-CODON at position 1 (first 5' codon of germline J-REGION) may disappear during rearrangements
- (10) Pseudogene due to one deletion of 1 nt between 'a' and 'c' at position 11, causing a frameshift with two STOP-CODON in J-REGION at positions 15 and 17
- (11) noncanonical J-MOTIF: FGXS instead of FGXG and noncanonical DONOR-SPLICE: ngc instead of ngt
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 27/06/2018
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Viviane Nguefack Ngoune
