IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: Rhesus monkey (Macaca mulatta) TRAV
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV1 | TRAV1-1 | TRAV1-1*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 10001..10702 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV1-1*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 10001..10702 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV1-2 | TRAV1-2*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 34270..34937 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV2 | TRAV2 | TRAV2*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 110944..111493 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV3 | TRAV3 | TRAV3*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 120534..121004 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV4 | TRAV4 | TRAV4*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 132347..133152 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5 | TRAV5 | TRAV5*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 151334..151888 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV6 | TRAV6 | TRAV6*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 161259..161825 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8 | TRAV8-1 | TRAV8-1*01 | P | (1) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 183967..184473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-2 | TRAV8-2*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 232009..232507 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-3 | TRAV8-3*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 282316..282823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-4 | TRAV8-4*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 287906..288393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-5 | TRAV8-5*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 363585..364067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-6 | TRAV8-6*01 | P | (2) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 468459..468974 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-6*02 | P | (2) | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 520194..520707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-7 | TRAV8-7*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 565119..565633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9 | TRAV9-1 | TRAV9-1*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 197767..198278 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-2 | TRAV9-2*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 325931..326439 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV10 | TRAV10 | TRAV10*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 210903..211509 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV11 | TRAV11-1 | TRAV11-1*01 | ORF | (3) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 214891..215772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV11-2 | TRAV11-2*01 | ORF | (4) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 223797..224073 | (5) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV11-3 | TRAV11-3*01 | P | (6) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 265074..265624 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV12 | TRAV12-1 | TRAV12-1*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 226485..227062 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV12-1*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 218295..218872 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV12-2 | TRAV12-2*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 275742..276321 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV12-3 | TRAV12-3*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 350481..351076 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13 | TRAV13-1 | TRAV13-1*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 253207..253749 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13-1*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 243882..244424 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13-2 | TRAV13-2*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 301693..302235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13-2*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 292389..292928 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV14 | TRAV14-1 | TRAV14-1*01 | P | (7) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 261056..261600 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV14-2 | TRAV14-2*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 307577..308127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV15 | TRAV15 | TRAV15*01 | P | (8) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 334601..335179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV15*02 | P | (8) | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 325263..325841 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV16 | TRAV16 | TRAV16*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 375391..375871 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV17 | TRAV17 | TRAV17*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 384822..385343 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV18 | TRAV18 | TRAV18*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 397068..397570 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV19 | TRAV19 | TRAV19*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 400211..400801 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV19*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 390947..391537 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV20 | TRAV20 | TRAV20*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 436192..436721 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV20*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 418782..419311 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV21 | TRAV21 | TRAV21*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 446502..447076 | AG07107 | IMGT000076 | 429095..429669 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV22 | TRAV22-1 | TRAV22-1*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 473354..473911 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV22-1*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 525078..525635 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV22-2 | TRAV22-2*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 489949..490506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV22-3 | TRAV22-3*01 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 450966..451523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV23 | TRAV23-1 | TRAV23-1*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 488437..488986 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV23-1*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 540116..540662 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV23-2 | TRAV23-2*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 504449..504998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV23-3 | TRAV23-3*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 515515..516064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV23-4 | TRAV23-4*01 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 465411..465960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV24 | TRAV24 | TRAV24*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 537641..538184 | AG07107 | IMGT000076 | 555928..556473 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV24-1 | TRAV24-1*01 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 484145..484689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV25 | TRAV25 | TRAV25*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 544904..545551 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV25*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 563195..563841 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV25-1 | TRAV25-1*01 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 491431..492078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV26 | TRAV26-1 | TRAV26-1*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 555994..556510 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV26-2 | TRAV26-2*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 625052..625753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV26-2*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 714755..715455 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV26-3 | TRAV26-3*01 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 502444..502960 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV27 | TRAV27 | TRAV27*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 582521..583119 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV29 | TRAV29 | TRAV29*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 596137..596697 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV30 | TRAV30 | TRAV30*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 601846..602444 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV32 | TRAV32 | TRAV32*01 | P | (9) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 614768..615042 | (5) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV32*02 | P | (9) | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 704482..704756 | (5) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV33 | TRAV33 | TRAV33*01 | P | (10) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 619095..619694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV33*02 | P | (10) | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 708799..709399 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV34 | TRAV34 | TRAV34*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 629836..630468 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV34*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 719539..720171 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV35 | TRAV35 | TRAV35*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 642789..643404 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV35*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 732479..733094 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV36 | TRAV36 | TRAV36*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 647637..648168 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV36*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 737329..737860 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV37 | TRAV37 | TRAV37*01 | ORF | (11) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 678450..679023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV37*02 | ORF | (11) | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 768047..768616 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV38 | TRAV38-1 | TRAV38-1*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 684713..685337 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV38-1*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 774315..774939 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV38-2 | TRAV38-2*01 | F | 7 | + | + | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 694208..694844 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV38-2*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 783801..784437 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV39 | TRAV39 | TRAV39*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 717888..718426 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV40 | TRAV40 | TRAV40*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 728894..729357 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV40*02 | F | 7 | AG07107 | CM014342.1 | IMGT000076 | 818468..818931 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV41 | TRAV41 | TRAV41*01 | F | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 735240..735783 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV46 | TRAV46 | TRAV46*01 | P | (14) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 813920..814362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV46*02 | P | (14) | 7 | IMGT000026 | 52997..53439 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAVA | TRAVA | TRAVA*01 | P | (12) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 177987..178490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAVB | TRAVB | TRAVB*01 | P | (8) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 245540..246122 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAVC | TRAVC | TRAVC*01 | P | (13) | 7 | 17573 | CM002991.3 | IMGT000013 | 426881..427167 | (5) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT notes:
- (1) STOP-CODON in V-REGION: position 44
- (2) STOP-CODON in L-PART1, STOP-CODON in V-REGION: position 26 and 41 and frameshift in V-REGION: deletion of 1 nt in FR3-IMGT
- (3) noncanonical ACCEPTOR-SPLICE: natnn instead of nagnn, noncanonical V-NONAMER: gccatgact instead of acccaaacc
- (4) noncanonical ACCEPTOR-SPLICE: natnn instead of nagnn
- (5) positions of V-REGION
- (6) STOP-CODON in V-REGION: position 58 and frameshift in V-REGION: deletion of 2 nt in FR3-IMGT
- (7) frameshift in L-PART2, STOP-CODON in V-REGION: position 2 and 44 and frameshifts in V-REGION: severals deletions in V-REGION
- (8) frameshift in V-REGION: deletion of 1 nt in FR2-IMGT
- (9) STOP-CODON in L-PART1, no ACCEPTOR-SPLICE, frameshifts in V-REGION, no V-RS
- (10) frameshift in V-REGION: deletion of 4 nt in FR3-IMGT
- (11) no 2nd-CYS: Gln instead of Cys, noncanonical DONOR-SPLICE: nat instead of ngt, noncanonical V-NONAMER: cctaaagct instead of acccaaacc
- (12) frameshifts in V-REGION
- (13) no L-PART1 and frameshifts in V-REGION: severals insertions and deletions in V-REGION
- (14) STOP-CODON in V-REGION: position 77
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 27/06/2018
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Viviane Nguefack Ngoune
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