IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: Ring-tailed lemur (Lemur catta) IGHV
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV1 | IGHV1-44 | IGHV1-44*01 | ORF | (1) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 194192..194663 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV2 | IGHV2-37 | IGHV2-37*01 | P | (2) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 226760..227107 | (18) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV2-37D | IGHV2-37D*01 | P | (2) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 105817..106164 | (18) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3 | IGHV3-2 | IGHV3-2*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 391036..391528 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-3 | IGHV3-3*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 387090..387585 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-4 | IGHV3-4*01 | P | (3) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 383032..383527 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-6 | IGHV3-6*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 376188..376678 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-7 | IGHV3-7*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 370090..370585 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-9 | IGHV3-9*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 363163..363658 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-10 | IGHV3-10*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 356454..356949 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-11 | IGHV3-11*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 351437..351938 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-12 | IGHV3-12*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 344777..345278 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-13 | IGHV3-13*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 340724..341217 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-14 | IGHV3-14*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 332705..333197 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-15 | IGHV3-15*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 326037..326535 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-16 | IGHV3-16*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 321013..321505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-18 | IGHV3-18*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 314053..314550 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-20 | IGHV3-20*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 308472..308967 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-21 | IGHV3-21*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 304436..304931 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-23 | IGHV3-23*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 297522..298023 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-24 | IGHV3-24*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 290487..290982 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-25 | IGHV3-25*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 286418..286916 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-26 | IGHV3-26*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 282353..282854 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-27 | IGHV3-27*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 275312..275807 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-28 | IGHV3-28*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 271353..271848 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-29 | IGHV3-29*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 263183..263678 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-30 | IGHV3-30*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 258093..258588 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-31 | IGHV3-31*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 251382..251877 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-32 | IGHV3-32*01 | P | (19) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 246387..246888 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-33 | IGHV3-33*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 239763..240258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-34 | IGHV3-34*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 234764..235257 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-36 | IGHV3-36*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 228201..228696 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-38 | IGHV3-38*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 220870..221365 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-40 | IGHV3-40*01 | P | (3) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 211042..211543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-41 | IGHV3-41*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 204619..205103 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-42 | IGHV3-42*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 200542..201040 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-46 | IGHV3-46*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 182257..182755 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-47 | IGHV3-47*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 175576..176068 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-48 | IGHV3-48*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 171533..172028 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-49 | IGHV3-49*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 168257..168752 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-51 | IGHV3-51*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 149172..149664 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-52 | IGHV3-52*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 145117..145618 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-52D | IGHV3-52D*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 141064..141565 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-52N | IGHV3-52N*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 137011..137512 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-54 | IGHV3-54*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 131415..131910 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-56 | IGHV3-56*01 | P | (3) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 124426..124921 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-57 | IGHV3-57*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 119398..119893 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-58 | IGHV3-58*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 113794..114289 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-60 | IGHV3-60*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 107258..107751 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-61 | IGHV3-61*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 99921..100416 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-62 | IGHV3-62*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 93844..94339 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-64 | IGHV3-64*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 87893..88388 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-65 | IGHV3-65*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 81254..81749 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-67 | IGHV3-67*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 74274..74775 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-69 | IGHV3-69*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 67697..68189 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-70 | IGHV3-70*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 61010..61505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-71 | IGHV3-71*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 55992..56493 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-72 | IGHV3-72*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 50158..50653 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-74 | IGHV3-74*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 43322..43823 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-75 | IGHV3-75*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 36233..36725 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-77 | IGHV3-77*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 29408..29909 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-78 | IGHV3-78*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 22996..23488 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-79 | IGHV3-79*01 | F | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 18923..19418 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV3-80 | IGHV3-80*01 | P | (4) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 10001..10296 | (18) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4 | IGHV4-5 | IGHV4-5*01 | P | (5) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 380030..380465 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-8 | IGHV4-8*01 | P | (6) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 367084..367515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-19 | IGHV4-19*01 | P | (7) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 311419..311852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-22 | IGHV4-22*01 | P | (8) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 301428..301859 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-35 | IGHV4-35*01 | P | (9) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 232127..232558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-39 | IGHV4-39*01 | P | (8) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 214846..215277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-43 | IGHV4-43*01 | P | (7) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 197526..197956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-53 | IGHV4-53*01 | P | (8) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 134366..134797 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-59 | IGHV4-59*01 | P | (8) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 111182..111613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-63 | IGHV4-63*01 | P | (10) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 90837..91268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-68 | IGHV4-68*01 | P | (8) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 71628..72059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-73 | IGHV4-73*01 | P | (11) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 47114..47544 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV4-76 | IGHV4-76*01 | P | (12) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 33599..34029 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV5 | IGHV5-17 | IGHV5-17*01 | P | (13) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 318150..318441 | (18) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV5-55 | IGHV5-55*01 | P | (13) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 128521..128812 | (18) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV5-66 | IGHV5-66*01 | P | (13) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 78383..78676 | (18) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV9 | IGHV9-50 | IGHV9-50*01 | ORF | (14) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 153666..154137 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV(II) | IGHV(II)-1 | IGHV(II)-1*01 | P | (15) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 417393..417680 | (18) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV(II)-45 | IGHV(II)-45*01 | P | (16) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 184741..185225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHV(II)-81 | IGHV(II)-81*01 | P | (17) | 1 | mLemCat1 | CM036472.1 | IMGT000097 | MAP | 5804..6101 | (18) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MAP: Mapped reference sequences.
IMGT notes:
- (1) noncanonical DONOR-SPLICE
- (2) noncanonical DONOR-SPLICE, frameshifts in V-REGION, noncanonical V-HEPTAMER: aacagtc instead of cacagtg, no V-NONAMER
- (3) STOP-CODON in V-REGION
- (4) insertion of repeat regions in V-REGION
- (5) frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (6) STOP-CODON in L-PART1, several STOP-CODON in V-REGION, no CONSERVED-TRP: Cys instead of Trp, frameshift in V-REGION
- (7) STOP-CODON in V-REGION, no CONSERVED-TRP: Cys instead of Trp, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (8) several STOP-CODON in V-REGION, no CONSERVED-TRP: Cys instead of Trp, frameshift in V-REGION
- (9) no 1st-CYS: Trp instead of Cys, several STOP-CODON in V-REGION, no CONSERVED-TRP: Cys instead of Trp, frameshift in V-REGION
- (10) several STOP-CODON in V-REGION, frameshift in V-REGION
- (11) no CONSERVED-TRP: Cys instead of Trp, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (12) several STOP-CODON in V-REGION, no CONSERVED-TRP: Cys instead of Trp, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (13) no L-PART1, no L-PART2, frameshifts in V-REGION, noncanonical V-HEPTAMER: cacagcc instead of cacagtg, no V-NONAMER
- (14) noncanonical V-NONAMER: acacgattc instead of acacaaacc
- (15) no L-PART1, frameshift in L-PART2, truncated pseudogene not assigned to subgroups with functional genes, no V-RS
- (16) STOP-CODON in L-PART1, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions, noncanonical V-NONAMER:acccaggcc instead of acacaaacc
- (17) no L-PART1, no L-PART2, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (18) Positions of V-REGION
- (19) STOP-CODON in L-PART1
IMGT references:
- [1] Marques T. et al., Unpublished.
- [2] Johnson,J. et al., Unpublished.
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 01/08/2022
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Turkan Samadova
