IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: Western lowland gorilla (Gorilla gorilla gorilla) IGHD
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (D-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (D-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1 | IGHD1-1 | IGHD1-1*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 944758..944830 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1084303..1084375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 891061..891133 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 894725..894797 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-5-2 | IGHD1-5-2*01 | ORF | (4) | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1094081..1094153 | KB3781 | CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 904512..904584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-5-2*02 | F | 14 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 900864..900936 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-7 | IGHD1-7*01 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1103470..1103541 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 909952..910024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 913955..914026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-14 | IGHD1-14*01 | ORF | (9) | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1112909..1112981 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 919478..919550 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 923562..923633 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-20 | IGHD1-20*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 982544..982616 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1122448..1122520 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 928962..929034 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 933194..933266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-26 | IGHD1-26*01 | ORF | (8) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 992752..992826 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1132598..1132672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 939152..939226 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 943420..943494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2 | IGHD2-2 | IGHD2-2*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 947429..947515 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1086972..1087058 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 897396..897482 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-2*02 | F | 14 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 893731..893817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-5-3 | IGHD2-5-3*01 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1096756..1096842 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 903210..903296 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 907208..907294 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-8 | IGHD2-8*01 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1106393..1106479 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 912662..912748 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 916694..916780 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-15 | IGHD2-15*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 975767..975853 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1115600..1115686 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 922147..922233 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 926299..926385 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-21 | IGHD2-21*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 985267..985350 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1125160..1125243 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 931677..931760 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 935910..935993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3 | IGHD3-3 | IGHD3-3*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 949888..949974 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1089428..1089514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 896205..896291 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 899854..899940 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-5-4 | IGHD3-5-4*01 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1099030..1099116 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 905481..905567 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 909483..909569 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-10 | IGHD3-10*01 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1108806..1108892 | KB3781 | CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 919437..919523 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-10*02 | F | 14 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 915356..915442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-16 | IGHD3-16*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 978053..978144 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-16*02 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1117967..1118059 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 924465..924557 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 928696..928788 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-22 | IGHD3-22*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 987691..987777 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 934100..934186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-22*02 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1127562..1127648 | KB3781 | CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 938367..938453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4 | IGHD4-4 | IGHD4-4*01 | ORF | (1) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 951036..951107 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1090576..1090647 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 897353..897424 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 901002..901073 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-5-5 | IGHD4-5-5*01 | ORF | (5) | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1100166..1100237 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-5-5*02 | ORF | (6) | 14 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 906638..906709 | KB3781 | CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 910640..910711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-11 | IGHD4-11*01 | ORF | (6) | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1109937..1110008 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 916508..916579 | (10) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 920589..920660 | (10) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-17 | IGHD4-17*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 979200..979271 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1119109..1119180 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 925611..925682 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 929843..929914 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-23 | IGHD4-23*01 | ORF | (6) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 988878..988952 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-23*02 | ORF | (6) | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1128738..1128812 | KB3781 | CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 939547..939621 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-23*03 | ORF | (6) | 14 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 935280..935354 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD5 | IGHD5-5 | IGHD5-5*01 | ORF | (2) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 952000..952078 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1091540..1091618 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 901966..902044 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD5-5*02 | ORF | (2) | 14 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 901966..902044 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD5-5-6 | IGHD5-5-6*01 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1101118..1101195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD5-5-6*02 | F | 14 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 907601..907676 | KB3781 | CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 911603..911678 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD5-12 | IGHD5-12*01 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1110893..1110971 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 917463..917541 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 921546..921624 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD5-18 | IGHD5-18*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 980166..980241 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD5-18*02 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1120073..1120151 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 926577..926655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 930809..930887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD5-24 | IGHD5-24*01 | ORF | (7) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 989845..989920 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1129704..1129779 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 936247..936322 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 940514..940589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD6 | IGHD6-5-1 | IGHD6-5-1*01 | P | (3) | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1093936..1093956 | (11) | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 900719..900739 | (11) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 904367..904387 | (11) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD6-6 | IGHD6-6*01 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1102966..1103039 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 909449..909522 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 913451..913524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD6-13 | IGHD6-13*01 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1112403..1112479 | KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 918972..919048 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 923056..923132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD6-19 | IGHD6-19*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 982029..982105 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1121940..1122016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 928451..928527 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 932683..932759 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD6-25 | IGHD6-25*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 992210..992283 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1132064..1132137 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 938612..938685 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 942880..942953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD7 | IGHD7-27 | IGHD7-27*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000074 | MAP | 1008654..1008664 | LT578329.1 | IMGT000078 | MAP | 1148310..1148376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| KB3781 | CM054596.1 | IMGT000139 | MAP | 954897..954963 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| CM054572.1 | IMGT000140 | MAP | 959134..959200 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT notes:
- (1) noncanonical 3'D-NONAMER: gcagaaact instead of acaaaaacc
- (2) noncanonical 5'D-NONAMER: ggttatcat instead of ggtttttgt
- (3) no 3'D-NONAMER
- (4) noncanonical 3'D-HEPTAMER: ctccatg instead of cacagtg
- (5) noncanonical 5'D-HEPTAMER: ctatgtg instead of cactgtg, noncanonical 5'D-NONAMER: tttttgtga instead of ggtttctga
- (6) noncanonical 5'D-HEPTAMER: tgctgtg instead of cactgtg
- (7) noncanonical 5'D-HEPTAMER: ggccgtg instead of cactgtg
- (8) noncanonical 5'D-HEPTAMER: catggtg instead of cactgtg
- (9) noncanonical 3'D-HEPTAMER: cactgtc instead of cacagtg
- (10) noncanonical 5'D-HEPTAMER: cgcagtg instead of cactgtg
- (11) position of D-REGION
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 03/12/2021
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Chahrazed Debbagh
