IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: domestic cat (Felis catus) TRAJ
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ1 | TRAJ1 | TRAJ1*01 | ORF | (1) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 808629..808718 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ2 | TRAJ2 | TRAJ2*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 807616..807709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ3 | TRAJ3 | TRAJ3*01 | ORF | (2) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 807067..807156 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ4 | TRAJ4 | TRAJ4*01 | ORF | (2) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 806099..806189 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ5 | TRAJ5 | TRAJ5*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 803091..803178 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ6 | TRAJ6 | TRAJ6*01 | ORF | (2) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 801958..802047 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ7 | TRAJ7 | TRAJ7*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 800438..800524 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ8 | TRAJ8 | TRAJ8*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 798675..798762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ9 | TRAJ9 | TRAJ9*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 798096..798184 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ10 | TRAJ10 | TRAJ10*01 | ORF | (2) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 796252..796343 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ11 | TRAJ11 | TRAJ11*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 795266..795354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ12 | TRAJ12 | TRAJ12*01 | ORF | (1) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 794696..794784 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ13 | TRAJ13 | TRAJ13*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 793829..793917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ14 | TRAJ14 | TRAJ14*01 | ORF | (2) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 793102..793186 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ15 | TRAJ15 | TRAJ15*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 792403..792490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ16 | TRAJ16 | TRAJ16*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 791047..791134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ17 | TRAJ17 | TRAJ17*01 | ORF | (3) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 789649..789738 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ18 | TRAJ18 | TRAJ18*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 788481..788574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ19 | TRAJ19 | TRAJ19*01 | ORF | (4) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 788099..788184 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ20 | TRAJ20 | TRAJ20*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 787114..787198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ21 | TRAJ21 | TRAJ21*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 786370..786452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ22 | TRAJ22 | TRAJ22*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 784790..784880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ23 | TRAJ23 | TRAJ23*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 782927..783017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ24 | TRAJ24 | TRAJ24*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 782490..782581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ25 | TRAJ25 | TRAJ25*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 781666..781753 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ26 | TRAJ26 | TRAJ26*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 781343..781430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ27 | TRAJ27 | TRAJ27*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 779180..779266 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ28 | TRAJ28 | TRAJ28*01 | ORF | (1) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 778530..778623 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ29 | TRAJ29 | TRAJ29*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 777536..777620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ30 | TRAJ30 | TRAJ30*01 | F | (5) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 776446..776531 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ31 | TRAJ31 | TRAJ31*01 | ORF | (2) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 774576..774660 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ32 | TRAJ32 | TRAJ32*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 772987..773080 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ33 | TRAJ33 | TRAJ33*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 772258..772342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ34 | TRAJ34 | TRAJ34*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 771579..771664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ35 | TRAJ35 | TRAJ35*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 770532..770622 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ36 | TRAJ36 | TRAJ36*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 769009..769096 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ37 | TRAJ37 | TRAJ37*01 | ORF | (1) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 768053..768142 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ38 | TRAJ38 | TRAJ38*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 766301..766390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ39 | TRAJ39 | TRAJ39*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 765655..765745 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ40 | TRAJ40 | TRAJ40*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 763766..763853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ41 | TRAJ41 | TRAJ41*01 | ORF | (6) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 762091..762180 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ42 | TRAJ42 | TRAJ42*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 761585..761678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ43 | TRAJ43 | TRAJ43*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 760768..760852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ44 | TRAJ44 | TRAJ44*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 759677..759767 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ45 | TRAJ45 | TRAJ45*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 758790..758883 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ46 | TRAJ46 | TRAJ46*01 | ORF | (7) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 758293..758383 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ47 | TRAJ47 | TRAJ47*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 757763..757839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ48 | TRAJ48 | TRAJ48*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 755571..755661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ49 | TRAJ49 | TRAJ49*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 754774..754860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ50 | TRAJ50 | TRAJ50*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 753866..753953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ51 | TRAJ51 | TRAJ51*01 | P | (8) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 752554..752644 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ52 | TRAJ52 | TRAJ52*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 751508..751604 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ53 | TRAJ53 | TRAJ53*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 748574..748660 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ54 | TRAJ54 | TRAJ54*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 747921..748013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ55 | TRAJ55 | TRAJ55*01 | P | (9) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 747358..747415 | (10) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ56 | TRAJ56 | TRAJ56*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 745076..745165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ57 | TRAJ57 | TRAJ57*01 | ORF | (6) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 744448..744538 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ58 | TRAJ58 | TRAJ58*01 | ORF | (6) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 743070..743160 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ59 | TRAJ59 | TRAJ59*01 | F | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 741943..742030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ60 | TRAJ60 | TRAJ60*01 | ORF | (2) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 741695..741777 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ61 | TRAJ61 | TRAJ61*01 | ORF | (11) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 740680..740767 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ62 | TRAJ62 | TRAJ62*01 | ORF | (12) | B3 | Abyssinian | CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 804832..804932 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ63 | TRAJ63 | TRAJ63*01 | ORF | (13) | B3 | Abyssinian | TRAJ64, CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 750650..750726 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ64 | TRAJ64 | TRAJ64*01 | P | (14) | B3 | Abyssinian | TRAJ65, CM001383.3 | IMGT000045 | MAP | 740974..741057 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MAP: Mapped reference sequences.
IMGT notes:
- (1) noncanonical J-HEPTAMER
- (2) noncanonical J-NONAMER
- (3) noncanonical J-MOTIF and noncanonical J-HEPTAMER
- (4) noncanonical J-HEPTAMER and noncanonical J-NONAMER
- (5) the first codon of the germline J-REGION is a STOP-CODON which may disappear during rearrangements
- (6) noncanonical J-MOTIF
- (7) noncanonical J-MOTIF and noncanonical DONOR-SPLICE
- (8) J-MOTIF very degenerate
- (9) no J-RS, no DONOR-SPLICE and frameshift in J-REGION
- (10) position of J-REGION
- (11) noncanonical DONOR-SPLICE and noncanonical J-MOTIF
- (12) noncanonical DONOR-SPLICE, noncanonical J-HEPTAMER and noncanonical J-NONAMER
- (13) noncanonical J-MOTIF, noncanonical J-HEPTAMER and noncanonical J-NONAMER
- (14) STOP-CODON in J-REGION
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 29/05/2019
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Viviane Nguefack Ngoune
