IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: dog (Canis lupus familiaris) TRAV
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8 | TRAV8-1 | TRAV8-1*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 244884..245391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-2 | TRAV8-2*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 301018..301506 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-3 | TRAV8-3*01 | P | (1) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 355280..355559 | (20) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9 | TRAV9-1 | TRAV9-1*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 10355..10853 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-2 | TRAV9-2*01 | P | (2) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 37537..38026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-3 | TRAV9-3*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 55000..55505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-4 | TRAV9-4*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 63730..64231 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-5 | TRAV9-5*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 85858..86356 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-6 | TRAV9-6*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 101911..102416 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-7 | TRAV9-7*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 124500..124998 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-8 | TRAV9-8*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 140161..140666 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-9 | TRAV9-9*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 147328..147829 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-10 | TRAV9-10*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 170052..170550 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-11 | TRAV9-11*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 188176..188675 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-12 | TRAV9-12*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 191289..191790 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-13 | TRAV9-13*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 208581..209079 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV10 | TRAV10 | TRAV10*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 225116..225720 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV11 | TRAV11 | TRAV11*01 | P | (3) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 230527..231073 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV12 | TRAV12 | TRAV12*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 240597..241190 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13 | TRAV13-1 | TRAV13-1*01 | P | (4) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 80462..81004 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13-1-1 | TRAV13-1-1*01 | P | (5) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 3416..3958 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13-2 | TRAV13-2*01 | P | (6) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 118388..118927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13-3 | TRAV13-3*01 | P | (7) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 161237..161777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13-4 | TRAV13-4*01 | P | (7) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 202473..203015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV14 | TRAV14-1 | TRAV14-1*01 | P | (8) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 57615..58401 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV14-2 | TRAV14-2*01 | P | (8) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 142803..143589 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV14-3 | TRAV14-3*01 | P | (9) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 182276..183065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV17 | TRAV17 | TRAV17*01 | P | (10) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 251087..251668 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV18 | TRAV18 | TRAV18*01 | P | (11) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 255277..255741 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV19 | TRAV19 | TRAV19*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 262616..263213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV20 | TRAV20 | TRAV20*01 | P | (12) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 271348..271628 | (20) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV21 | TRAV21 | TRAV21*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 286839..287405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV22 | TRAV22 | TRAV22*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 305956..306557 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV23 | TRAV23 | TRAV23*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 308245..308866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV24 | TRAV24 | TRAV24*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 329874..330417 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV25 | TRAV25 | TRAV25*01 | P | (19) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 343680..345067 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV26 | TRAV26 | TRAV26*01 | P | (13) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 403128..403906 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV27 | TRAV27 | TRAV27*01 | P | (13) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 362097..362636 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV28 | TRAV28 | TRAV28*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 368136..368733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV29 | TRAV29 | TRAV29*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 376185..376765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV30 | TRAV30 | TRAV30*01 | P | (14) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 381000..381270 | (20) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV31 | TRAV31 | TRAV31*01 | P | (15) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 383770..384056 | (20) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV33 | TRAV33 | TRAV33*01 | ORF | (22) (23) | 8 | Boxer | TRDV2, CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 391916..392519 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV34 | TRAV34 | TRAV34*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 417843..418472 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV35 | TRAV35 | TRAV35*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 430403..431010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV36 | TRAV36 | TRAV36*01 | P | (17) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 437833..438405 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV37 | TRAV37 | TRAV37*01 | P | (16) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 454444..459654 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV38 | TRAV38-1 | TRAV38-1*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 463238..463842 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV38-2 | TRAV38-2*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 470963..471582 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV40 | TRAV40 | TRAV40*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 501701..502320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV41 | TRAV41 | TRAV41*01 | P | (18) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 505633..506206 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43 | TRAV43-1 | TRAV43-1*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 778..1315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43-2 | TRAV43-2*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 23767..24331 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43-3 | TRAV43-3*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 72984..73522 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43-4 | TRAV43-4*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 113137..113675 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43-5 | TRAV43-5*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 155663..156198 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43-6 | TRAV43-6*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 196179..196733 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV46 | TRAV46 | TRAV46*01 | P | (21) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 575455..575891 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT notes:
- (1) Frameshift in V-REGION, no V-NONAMER
- (2) Frameshift in FR2-IMGT, in frame STOP-CODON in FR1-IMGT
- (3) Frameshift in V-REGION (deletion of 4 nt in 3' of FR1-IMGT, no CDR1-IMGT), frameshift in L-PART1
- (4) Frameshift in FR3-IMGT (deletion of 1 nt from codon 89 and 2 nt from codon 101)
- (5) Frameshift in V-REGION, in frame STOP-CODON in L-PART1
- (6) Frameshift in FR3-IMGT (deletion of 1 nt from codon 89 and 2 nt from codon 101) , frameshift in L-PART1
- (7) Frameshift in FR3-IMGT, frameshift in L-PART1
- (8) Frameshift in V-REGION
- (9) Frameshift in FR3-IMGT
- (10) In frame STOP-CODON in L-PART1
- (11) Frameshift in CDR1-IMGT, no CDR2-IMGT, deletion in FR3-IMGT (7 nt are missing in 5')
- (12) Frameshift in L-PART1, frameshift in FR3-IMGT, no V-RS
- (13) Frameshift in L-PART1
- (14) Frameshift in V-REGION, frameshift in L-PART1, no V-RS
- (15) Frameshift in L-PART1, Frameshift in FR1-IMGT and FR3-IMGT, no V-RS
- (16) No L-PART1 and in frame STOP-CODON in FR1-IMGT
- (17) Frameshift in FR1-IMGT, frameshift in L-PART1
- (18) Frameshift in CDR1-IMGT
- (19) No L-PART1
- (20) Positions of V-REGION
- (21) STOP-CODON in V-REGION: position 42
- (22) CONSERVED-TRP is replaced by Arg
- (23) Canis lupus familiaris TRAV33 (ORF) [8.7.4] gene is the unique representative of the Canlupfam TRAV33 subgroup in IMGT000004 (CM000008.3) and its name replaces old TRDV2 (ORF) name (V. Nguefack Ngoune and M-P. Lefranc, 23/09/2020).
IMGT references:
- [1] Martin J. et al. Immunogenetics 2018 Apr;70(4):223-236 (2018) Sep 19. doi: 10.1007/s00251-017-1028-0. Epub 2017 Sep 19. PMID:28924718
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 13/09/2017
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Saida Hadi-Saljoqi, Viviane Nguefack Ngoune
