IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: Norway rat (Rattus norvegicus) IGHD
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
Positions in contigs: limits from the first nucleotide of 5'D-RS to the last nucleotide 3'D-RS.
| IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | R | T | Pr | Positions in the locus | IMGT/LIGM-DB reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Strain | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (D-GENE-UNIT) | Secondary accession numbers | Strain | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (D-GENE-UNIT) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1 | IGHD1-1 | IGHD1-1*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(774007..774082) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-2 | IGHD1-2*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(754097..754178) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-3 | IGHD1-3*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(738326..738401) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-4 | IGHD1-4*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(734038..734115) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-5 | IGHD1-5*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(732657..732734) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-6 | IGHD1-6*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(712496..712578) | BN/SsNHsdMCW | AABR03049813 | complement(26174..26256) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-7 | IGHD1-7*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(702628..702705) | BN/SsNHsdMCW | IGHD1-2 | AABR03049813 | complement(16306..16383) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-8 | IGHD1-8*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(696270..696345) | BN/SsNHsdMCW | IGHD1-3 | AABR03049813 | complement(9920..9995) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-9 | IGHD1-9*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(694721..694798) | BN/SsNHsdMCW | IGHD1-4 | AABR03049813 | complement(8367..8444) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-10 | IGHD1-10*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(687797..687866) | BN/SsNHsdMCW | IGHD1-5 | AABR03049813 | complement(1430..1499) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-11 | IGHD1-11*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(680460..680538) | BN/SsNHsdMCW | IGHD1-6 | AABR03051895 | complement(5975..6053) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-12 | IGHD1-12*01 | F | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(671292..671375) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-12*02 | F | BN/SsNHsdMCW | IGHD1-7 | AABR03053101 | complement(4889..4973) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD1-12*03 | F | BN/SsNHsdMCW | IGHD1-8 | AABR03053180 | complement(1417..1498) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2 | IGHD2-1 | IGHD2-1*01 | F | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(772734..772799) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-2 | IGHD2-2*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(752824..752889) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-3 | IGHD2-3*01 | ORF | (1) | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(737423..737488) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-4 | IGHD2-4*01 | ORF | (2) | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(730631..730696) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-5 | IGHD2-5*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(710163..710228) | BN/SsNHsdMCW | IGHD2-1 | AABR03049813 | complement(23841..23906) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-6 | IGHD2-6*01 | F | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(701353..701418) | BN/SsNHsdMCW | IGHD2-2 | AABR03049813 | complement(15031..15096) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-7 | IGHD2-7*01 | F | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(693464..693529) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD2-8 | IGHD2-8*01 | ORF | (3) | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(686916..686981) | BN/SsNHsdMCW | IGHD2-3 | AABR03049813 | complement(549..614) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3 | IGHD3-1 | IGHD3-1*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(772497..772573) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-2 | IGHD3-2*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(737186..737263) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-3 | IGHD3-3*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(719346..719423) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-4 | IGHD3-4*01 | F | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(709925..710003) | BN/SsNHsdMCW | IGHD3-1 | AABR03049813 | complement(23603..23681) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-5 | IGHD3-5*01 | F | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(701116..701193) | BN/SsNHsdMCW | IGHD3-2 | AABR03049813 | complement(14794..14871) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-6 | IGHD3-6*01 | ORF | (4) | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(693227..693303) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-7 | IGHD3-7*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(686677..686755) | BN/SsNHsdMCW | IGHD3-4 | AABR03049813 | complement(310..388) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD3-8 | IGHD3-8*01 | ORF | (5) | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(678986..679064) | BN/SsNHsdMCW | IGHD3-3 | AABR03051895 | complement(4501..4579) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4 | IGHD4-1 | IGHD4-1*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(771484..771556) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-2 | IGHD4-2*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(751563..751635) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-3 | IGHD4-3*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(700334..700406) | BN/SsNHsdMCW | IGHD4-1 | AABR03049813 | complement(13984..14056) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-4 | IGHD4-4*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(692429..692501) | BN/SsNHsdMCW | IGHD4-2 | AABR03049813 | complement(6062..6134) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-5 | IGHD4-5*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(684506..684578) | BN/SsNHsdMCW | IGHD4-3 | AABR03051895 | complement(10021..10093) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD4-6 | IGHD4-6*01 | ORF | (6) | + | + | N; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(676952..677023) | BN/SsNHsdMCW | IGHD4-4 | AABR03051895 | complement(2473..2544) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IGHD5 | IGHD5-1 | IGHD5-1*01 | F | + | + | BN; Sprague-Dawley | RatNor_6_chr6 | complement(654769..654835) | BN/SsNHsdMCW | M13798 | [1] | 25..91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT notes:
- (1) ORF because noncanonical 5'D-HEPTAMER: tactgta instead of cactgtg
- (2) ORF because noncanonical 5'D-HEPTAMER: gactgtg instead of cactgtg
- (3) ORF because noncanonical 3'D-HEPTAMER: caaagtg instead of cacagtg
- (4) ORF because noncanonical 3'D-HEPTAMER: aattcca instead of catgcca
- (5) ORF because noncanonical 5'D-HEPTAMER: catcagg instead of cagcagg and noncanonical 3'D-HEPTAMER: catgaca instead of catgcca
- (6) ORF because noncanonical 5'D-HEPTAMER: catggtg instead of cacagtg
IMGT references:
- [1] Brueggemann M. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 83, 6075-6079 (1986). PMID:3016742
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 19/02/2008
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Mélanie Arrivet, Fatena Bellahcene, Odile Lucas
